От имени левоэсеровской оппозиции выступил содокладчиком официального оратора от ЦК (Н. Д. Авксентьева), в отличие от которого считал ошибкой участие эсеров во Временном правительстве. Съезд, отвергнув предложение Алгасова, принял резолюцию ЦК, одобрявшую создание коалиционного министерства. Делегат 1-го Всероссийского съезда Советов РСД (3–24 июня, Петроград); избран членом ВЦИК. Примкнул к левой оппозиции на 7-м Совете ПСР (август 1917 года, Петроград). На 7-й Петроградской конференции эсеров (10–13 сентября), высказавшейся против коалиции с цензовыми элементами, за создание «однородного социалистического правительства», избран членом нового (левого) ПК.
Во второй половине сентября – начале октября 1917 года совершил поездку по городам Поволжья для установления организационных связей с местными левоэсеровскими комитетами и группами. Накануне Октябрьского вооружённого восстания вернулся в Петроград, 2-м Всероссийским съездом Советов РСД (25–27 окт.) избран во ВЦИК. 29 октября делегирован от него в Петроградский ВРК, в котором тесно сотрудничал с большевиками. 6 ноября пленумом ВЦИК Алгасов утверждён организатором Иногороднего отдела – важнейшего подразделения ВЦИК, в первые послеоктябрьские месяцы выполнявшего многие функции НКВД; руководство отделами строилось на паритетных началах, и Алгасов делил его с Я. М. Свердловым. В тот же день на совместном заседании фракции левых эсеров ВЦИК, редакции журнала «Наш Путь» и Петроградского комитета ПСР избран во Временное Центральное бюро левых эсеров, созданное для подготовки учредительного съезда партии.
На 1-м съезде ПЛСР (19–28 ноября 1917, Петроград) выступил с докладом о деятельности Петроградского ВРК. Утверждал, что различие между большевиками и левыми социалистами-революционерами в процессе повседневной, будничной работы ВРК стёрлось; резко протестовал против попыток возложить ответственность за Октябрьское восстание и последующие за ним события на одних большевиков. Избран членом ЦК ПЛСР.
По состоявшемуся 9–12 декабря соглашению между большевиками и левыми эсерами получил в коалиционном Совнаркоме должность наркома без портфеля, но с решающим голосом. Вошёл в коллегию НКВД (возглавил коммунальный отдел) и в коллегию Наркомюста. Подчиняясь решению ЦК ПЛСР, вышел из Совнаркома в марте 1918 года, однако расценил неприятие Брестского мира, разрыв коалиции с большевиками как грубую ошибку левых эсеров. На 2-м съезде ПЛСР (17–25 апр. 1918 года, Москва) забаллотирован на выборах в президиум съезда, исключён из списка кандидатов в члены ЦК. Осудил политику ЦК ПЛСР, приведшую к левоэсеровскому мятежу 6–7 июля 1918 года, после чего вышел из ПЛСР и в сентябре 1918 года вступил в РКП(б).
Был направлен на подпольную работу на Украину, арестован гетманской полицией, но освобождён петлюровцами. В 1919 году входил в состав Киевского совета. В 1920-х годах преподавал в вузах Киева, Харькова и Сталино. В 1930-х работал в Москве, был членом Моссовета, заведовал кафедрой диалектического материализма МЖТИ мясной и молочной промышленности.
16 февраля 1938 арестован,
