Страгородским. Гапон стал посещать религиозно-философские собрания, проходившие под председательством патриарха.
В 1902 году Гапон составил новый проект системы благотворительных учреждений. Проект предусматривал создание трудовых колоний для реабилитации безработных босяков, образцом для которых послужил Кронштадтский «Дом трудолюбия». На эту тему Гапоном был написан доклад для подачи императрице Александре Фёдоровне. Доклад был одобрен градоначальником СПб, Николаем Клейгельсом, однако не получил дальнейшего хода, к императрице доклад не был представлен.
Летом 1902 года из-за конфликта с попечительным советом, Гапона отстранили от должности настоятеля приюта «Синего Креста». Уходя из сиротского приюта, Гапон забрал с собой, окончившую курс, воспитанницу Александру Уздалёву, которая впоследствии стала его сожительницей, так как по канонам православной церкви, вдовый священник не имеет права на повторный брак, жена у попа всегда первая и последняя. В это же время, Гапон был отчислен с 3 курса Духовной Академии, причиной исключения была не сдача Гапоном переходных экзаменов. По доносу в охранное отделение Гапон был вызван туда на допрос. Это событие и послужило поводом для его знакомства с Департаментом полиции.
Осенью 1902 года, Гапон был восстановлен в духовной академии, по протекции митрополита Антония Вадковского, который оказывал ему покровительство. В 1903 году Гапон успешно окончил Духовную Академию, написав дипломную работу на тему, «Современное положение прихода в православных церквах, греческой и русской», и получил должность священника при тюремной церкви «Святого Михаила Черниговского» городской пересыльной тюрьмы СПб, «Крестах».
Осенью 1902 года Гапона познакомили с начальником Особого отдела Департамента полиции Сергеем Зубатовым. Зубатов занимался созданием подконтрольных полиции «рабочих союзов», и Гапону было предложено принять участие в этой работе, на что он дал согласие. Цель Зубатова состояла в том, чтобы созданием легальных рабочих организаций снизить влияние, оказываемое на рабочих революционной пропагандой. Зубатовым было основано «Общество взаимного вспомоществования рабочих механического производства».
В августе 1903 года Зубатов, из-за личной ссоры с министром внутренних дел Вячеславом Плеве, был отправлен в отставку и выслан из Петербурга. В это время «Петербургское Рабочее Общество» было крайне малочисленным и влачило жалкое существование. Осенью того же года Гапон взялся за воссоздание организации в соответствии со своими проповедями и идеями. Им был написан новый «Устав Общества» согласно которому весь контроль над деятельностью организации осуществлялся самим Гапоном.
15 февраля 1904 года новый «Устав Общества» был утверждён заместителем министра Петром Дурново. В результате, вплоть до января 1905 года, власти не интересовались, что происходит в стенах «Гапоновского Собрания», так как считалось
