Бекета переехать в Санс. Бекет убеждал папу добиться отмены Кларендонских конституций, даже если ради этого придется пойти на крайние меры против Генриха II – анафему и интердикт. Но Александр III не желал ссориться с возможным союзником Генрихом II.
В июне 1170 года Генрих Молодой, сын и наследник Генриха II, был коронован в Йорке. Церемонию совершили архиепископ Йоркский и епископы Лондона и Солсбери, хотя традиционно английских королей венчали на царство архиепископы Кентербери. Протест Бекета был на этот раз поддержан Александром III, угрожавшим Генриху II интердиктом. Двадцать второго июля 1170 года Генрих II, находившийся в этот момент в Нормандии, примирился с Бекетом. В качестве знака королевского раскаяния Томас Бекет потребовал от короля опубликовать в Англии папские послания, осуждавшие Кларендонские конституции, и отлучить от церкви епископов, венчавших Генриха Молодого. Тем не менее Генрих II позволил Томасу Бекету вернуться в Англию.
Томас Бекет вернулся из изгнания с триумфом: его и лодку, в которой он высадился на берег, восторженные богомольцы несли на руках до Кентербери. Видя такой энтузиазм, Бекет немедленно отлучил от церкви трех епископов. Узнав об этом, находившийся в Нормандии Генрих II, как гласит легенда, вскричал: «Неужели никто не избавит меня от этого мятежного попа?» И тогда четверо рыцарей восприняли слова короля как приказ и немедленно отбыли в Кентербери.
Рыцари накинули плащи на свои доспехи и спрятали оружие у входа в Кентерберийский собор. Встретив архиепископа, они сообщили ему, что король вызывает его для суда в Винчестер, но Бекет отверг это требование. Рыцари вернулись за оружием и, уже вооруженные, ворвались в собор. Они настигли Бекета на ступенях, ведущих к алтарю, и зарубили его мечами. Последними словами Бекета были: «Я принимаю смерть во имя Господа и отдаю свою душу на суд Божией Церкви».
Жуткое убийство архиепископа у алтаря в кафедральном соборе потрясло средневековую Европу. Уже в 1173 году папа Александр III причислил священномученика к лику святых. Культ святого быстро распространился по Европе: уже в XII веке его изображения появляются на Сицилии и в Кастилии. В Англии гробница Томаса Бекета стала местом массового паломничества. Традиционный маршрут паломников начинался в Саутворке (здесь 23 декабря 1170 года последний раз проповедовал архиепископ перед отправлением в Кентербери) и продолжался до Кентербери. Люди шли к гробнице таким потоком, что пришлось восстанавливать давно разрушенный Лондонский мост.
В ужасе перед злодеянием, которое было совершено от его имени, король трое суток не выходил из своей спальни и отказывался от пищи. Над Генрихом II опять нависла угроза отлучения от церкви, и он с большим трудом сумел ее отвести, покаявшись перед гробницей своей жертвы. Король подвергся унизительному бичеванию, а потом целую ночь провел в храме, моля о прощении.
Трагическое столкновение двух бывших друзей вдохновило драматурга
