Суздальскому, Вассиану Тверскому, Прохору Сарскому и Филофею Пермскому. Объяснял им, почему не согласился дать отпись на поставление Коломенского владыки, и им советовал не спешить поставлением его, пока не покончится дело о жидовствующих: «Писано ведь в правилах святых апостол, како владыку поставити, а ваши архимандриты, и протопопы, и попы соборные с еретики служили; ино ведь иному отлучение, а иному отвержение писано». Подробно рассказывал о чернеце Захаре, жаловался на него и просил себе обороны от него. Наконец настоятельно требовал, чтобы составился Собор на еретиков, чтобы их предать проклятию, казнить, жечь, вешать, так как они, давши в Новгороде покаяние и приняв епитимию, изменили клятве, бежали в Москву и снова сделались еретиками. «Да не плошите, – прибавлял Геннадий, – станьте крепко, чтобы гнев на нас не пришел, да некако человекоугодници обрящемся и со Иудою Христа продающе: они иконы щепляют, режут, Христу поругаются, а мы их учреждаем да их воле сходим...»
Геннадия и в этот раз не позвали в Москву, но Собор на еретиков состоялся, и состоялся не более как через двадцать дней после возведения Зосимы на митрополитский престол, именно 17 октября 1490 г. На Соборе кроме самого великого князя присутствовали с митрополитом те же самые святители, которые участвовали в его избрании и поставлении, равно многие архимандриты, игумены, протоиереи, иереи, старцы и между ними знаменитые Паисий Ярославов и Нил Сорский. Тут же находились и самые жидовствующие: чернец Захария, Гавриил, протопоп новгородский, Дионисий, поп архангельский (протопоп Алексей умер еще пред избранием Зосимы на митрополию), Максим, поп ивановский, Василий, поп покровский, Макарий, дьякон никольский, Гридя, дьячок борисоглебский, Васюк, зять Дионисиев, Самуха, дьячок никольский, и другие их единомышленники. Еретиков обвиняли пред лицом Собора в том, что они старались развратить чистую и непорочную веру в Бога, в Троице славимого, и погубить православное христианство; отвергали Божество Иисуса Христа, Его Воплощение от Пресвятой Девы и Воскресение; ругались святым иконам, совершали литургию по принятии пищи и пития, считали Тело и Кровь Христовы в таинстве Евхаристии простым хлебом и вином, держались больше Ветхого закона и праздновали пасху по-иудейски; в среды и пятки ели мясо и молоко, и творили многие другие еретические дела, и многих простых людей прельстили своими ересями. Обвиняемые ни в чем не хотели сознаться пред великим князем, митрополитом и всем Собором, упорно запирались в своих ересях и были как бы в исступлении ума. Но благоверный государь Иоанн Васильевич, а с ним митрополит, и прочие святители, и весь Собор, обыскав по подлинникам архиепископа Геннадия и по московским свидетельствам ереси означенных еретиков, предали их проклятию, низвергли всех из сана и осудили на заточение. Таким образом, настоящий Собор поступил с жидовствующими снисходительнее, нежели первый на них Собор, бывший при митрополите Геронтии, и далеко не так строго, как желал Геннадий.
