Он хотел удалиться: Царь остановил его; сказал, что ему должно ждать суда, а не быть своим судиею: принудил его взять назад утварь Святительскую и еще служить Обедню в день Архангела Михаила (8 Ноября). Когда же Филипп в полном облачении стоял пред олтарем в храме Успения, явился там Боярин Алексей Басманов с толпою вооруженных опричников, держа в руке свиток. Народ изумился. Басманов велел читать бумагу: услышали, что Филипп собором Духовенства лишен сана Пастырского. Воины вступили в олтарь, сорвали с Митрополита одежду Святительскую, облекли его в бедную ризу, выгнали из церкви метлами и повезли на дровнях в обитель Богоявления. Народ бежал за Митрополитом, проливая слезы: Филипп с лицом светлым, с любовию благословлял людей и говорил им: «молитеся!» На другой день привели его в судную палату, где был сам Иоанн, для выслушания приговора: Филиппу, будто бы уличенному в тяжких винах и в волшебстве, надлежало кончить дни в заключении. Тут он простился с миром, великодушно, умилительно; не укорял судей, но в последний раз молил Иоанна сжалиться над Россиею, не терзать подданных, – вспомнить, как Царствовали его предки, как он сам Царствовал в юности, ко благу людей и собственному. Государь, не ответствуя ни слова, движением руки предал Филиппа воинам. Дней восемь сидел он в темнице, в узах; был перевезен в обитель Св. Николая Старого, на берегу Москвы-реки; терпел голод и питался молитвою. Между тем Иоанн истреблял знатный род Колычевых: прислал к Филиппу отсеченную голову его племянника Ивана Борисовича и велел сказать: «се твой любимый сродник: не помогли ему твои чары!» Филипп встал, взял голову, благословил и возвратил принесшему. Опасаясь любви граждан Московских ко сверженному Митрополиту – слыша, что они с утра до вечера толпятся вокруг обители Николаевской, смотрят на келию заключенного и рассказывают друг другу о чудесах его святости – Царь велел отвезти страдальца в Тверской монастырь, называемый Отрочим, и немедленно избрал нового Митрополита, Троицкого Архимандрита, именем Кирилла, к досаде Пимена, имевшего надежду заступить место Филиппа.
Освободив себя от Архипастыря строгого, непреклонного и, дав сей важный сан Иноку доброму, но слабодушному, безмолвному, Иоанн мог тем смелее, тем необузданнее свирепствовать; дотоле губил людей: оттоле целые города. Началося с Торжка, где неистовые опричники в день ярмонки завели ссору и драку с жителями: Царь объявил граждан бунтовщиками; велел их мучить, топить в реке. То же сделалось в Коломне и такие же были следствия. К сему городу принадлежали поместья несчастного Федорова: жители любили его и казались Иоанну мятежниками.
Одним словом, тиранство созрело, но конец оного был еще далеко! Ничто не могло обезоружить свирепого: ни смирение, ни великодушие жертв, ни самые естественные бедствия сего времени: ибо Россия, омрачаемая ужасами мучительства, была тогда же казнима язвою, пришедшею к нам из Эстонии или Швеции. В Июле 1566 года началося моровое поветрие в Новогородской Шелонской