На пост руководителя страны был избран в разгар тяжелой, смертельной болезни, приведшей к полной гибели почек. Несколько раз в неделю должен был находиться в отделении гемодиализа на искусственной почке, и только это поддерживало его жизнь. Не пользовался кабинетом в Кремле, проводил там только заседания Политбюро. Обычно работал в здании на Старой площади. По словам его секретаря О.А. Захарова, если кого-то принимал, всегда предупреждал: спросите, что будет пить – чай или кофе. Сам пил только чай, кофе не употреблял. Два раза в день заказывал тертое яблоко. Соль из-за болезни вообще не употреблял. 01.09.1983 г. вел последнее в своей жизни заседание Политбюро. Выглядел крайне плохо. Говорил часто запинаясь, перебирал листки текста старчески дрожащими руками. В тот же день улетел в отпуск в Крым. На отдыхе, чтобы разрядить больничную обстановку дачи, поехал погулять в лес и сел там на гранитной скамейке в тени деревьев. По словам главного кремлевского врача Е.И. Чазова, «как он сам нам сказал позднее, он почувствовал озноб, почувствовал, как промерз, и попросил, чтобы ему дали теплую верхнюю одежду. На второй день у него развилась флегмона». Был немедленно транспортирован в Москву и помещен в Центральную клиническую больницу и, хотя продолжал заниматься делами, на работу уже больше не вернулся. Видел только одним глазом. Передвигаться самостоятельно не мог, его носили на руках. Когда читал документы, дежурный адъютант переворачивал страницы. Подумывал об уходе с поста Генерального секретаря. Неожиданно для всех позвонил самому молодому секретарю ЦК КПСС Н.И. Рыжкову: «Николай Иванович, если я уйду на пенсию, какое материальное обеспечение вы мне сохраните?» Н.И. Рыжков настолько растерялся, что не знал, как ответить. «Вы там подумайте о том, что я сказал», – закончил разговор Ю.В. Андропов. Тогда же группа генералов КГБ обратилась на имя В.М. Чебрикова с официальным письмом, в котором указывали на недостатки в лечении Ю.В. Андропова и требовали вмешательства председателя КГБ в обеспечение процесса лечения. По версии его помощника А.И. Вольского, обнародованной в 1990 г., существовала письменная рекомендация Ю.В. Андропова в отношении М.С. Горбачева как своего возможного преемника, которая якобы им самим была включена в выступление на Пленуме ЦК, но затем исчезла из текста, зачитанного на Пленуме. Умер от отказа обеих почек. Был депутатом Верховного Совета СССР 3, 6–10-го созывов, депутатом Верховного Совета РСФСР 7–10-го созывов. Награжден четырьмя орденами Ленина, орденами Октябрьской Революции, Красного Знамени, тремя орденами Трудового Красного Знамени и медалями, а также наградами иностранных государств. Похоронен у Кремлевской стены на Красной площади в Москве. В 1984 г. г. Рыбинск Ярославской области был переименован в г. Андропов. В 1989 г. городу возвращено прежнее название. В 1998 г., став директором ФСБ, В.В. Путин восстановил в здании на Лубянке мемориальный кабинет Ю.В. Андропова. В июне 1999 г. В.В. Путин провел заседание коллегии ФСБ, посвященное 85-летию со дня рождения Ю.В. Андропова. 20.12.1999 г.