дело в России находилось в общем ведении Русской православной церкви, а указы, касавшиеся печатного дела, издавались от имени царя и имели также подпись патриаршей администрации, поэтому Приказ книгопечатного дела находился в подчинении у нее, а также – особенно в финансовых вопросах – и у Патриаршего казенного приказа210. Новое здание академии в Заиконоспасском монастыре, строившееся отчасти за счет государства, а отчасти на деньги, оставшиеся после смерти в 1686 году иеродьякона Мелетия, было готово к концу 1687 года. К ноябрю этого года Лихуды уже вели уроки в новой каменной постройке. И Типографская школа, и школа Медведева были закрыты, а их учеников перевели в академию211. Следует отметить, что и Богоявленский, и Заиконоспасский монастыри находились буквально в двух шагах от Кремля, а следовательно, в орбите царского и патриаршего дворов.
Медведев, проиграв борьбу за право возглавить академию, продолжал сражаться на интеллектуальном фронте. В своем стремлении оспорить авторитет патриарха по вопросу о евхаристии он неожиданно нашел союзников в рядах украинского духовенства, у которых имелись собственные причины для подрыва позиций патриарха Иоакима. В 1684–1687 годах московский патриарх предпринимал энергичные попытки подчинить своей власти православную церковь на украинских землях. Момент для такого начинания был выбран удачно, так как в данном случае интересы двора совпадали с интересами патриархата. После 1683 года русское правительство активно стремилось заключить союз с Польшей против турок. Понятно, что важнейшей предпосылкой для такого шага являлось признание Польшей постоянного суверенитета России над Левобережной Украиной. В свою очередь гетман Иван Самойлович, заинтересованный в том, чтобы пресечь вмешательство украинского духовенства в политические дела гетманата, поддерживал промосковскую ориентацию. В этом контексте усилия Иоакима оказались не напрасными. В июле 1685 года церковный собор в Киеве выбрал новым митрополитом православной церкви на Левобережной Украине Гедеона (Святополк-Четвертинского), на которого делал ставку Иоаким. Однако Московскому патриархату нужно было преодолеть еще одно препятствие: украинская церковь номинально подчинялась Вселенскому патриархату в Константинополе. Как и в случае с академией, Голицын был более чем готов содействовать Иоакиму, добивавшемуся согласия восточных патриархов на то, что по сути представляло собой неканоническое вмешательство в дела другой церковной епархии. Несмотря на первоначальное противодействие, вожди восточных церквей в мае 1686 года все же пошли навстречу Москве212. Украинское духовенство было побеждено на административном фронте, но, как и Медведев, не собиралось быстро сдаваться на интеллектуальном.
После того как восточные патриархи признали подчинение украинской церкви Москве, Иоаким предпринял новые меры, чтобы «укротить» непокорного Медведева. В 1687 году Иоаким велел Лихудам помогать монаху Евфимию составить ученый ответ
