Бухары было почти сплошь мусульманским, единственное исключение составляли численно незначительные, но коммерчески важные евреи и индийцы. Среди мусульман подавляющим большинством являлись ортодоксальные сунниты, но среди таджиков из центральной части Бухары было много шиитов-исмаилитов, а на востоке все население было исмаилитским.
Бухара была автократическим государством, управляемым наследственным монархом в соответствии с религиозным мусульманским правом и обычаями. Чтобы справиться с проблемой управления достаточно большой и населенной страной, в которой обитаемые районы были отделены друг от друга пустынями и горами, а связи между ними были затруднены особенно в центральной и восточной частях, в Бухаре была сформирована хорошо организованная центральная администрация, и вместе с тем существовала большая степень провинциальной автономии. На вершине административной системы стоял кушбеги (высший сановник), которому во второй половине XIX века было вверено в значительной степени реальное управление государством. Он руководил религиозной и гражданской ветвями центрального правительства, надзирал за провинциальными правителями и управлял столичным районом. Подчиненными кушбеги были диванбеги (министр финансов, казначей), которому, в свою очередь, подчинялся закятчи-калан (главный сборщик закята — налога на движимое имущество). Другими важными чиновниками центрального правительства, не зависевшими от кушбеги, были кази-калан (верховный судья), который вел все религиозные дела, решал вопросы права и образования, его подчиненный ишан-раис (главный полицейский и блюститель морали) и топчибаши (военный министр и командующий армией). Каждый из этих чиновников от диванбеги до топчибаши действовал в столичном районе лично и опосредованно через сеть подчиненных в провинциях. Все перечисленные выше чиновники назначались эмиром и отвечали непосредственно перед ним. Их полномочия не были четко определенными, что позволяло эмиру сохранять уверенный контроль над правительством. Даже кушбеги, обладавший большой властью, не мог ничего сделать без ведома эмира, независимо от важности вопроса.
Бухара делилась на столичный район и переменное число беглыков (ниже будет употребляться принятое в русском языке название «бекство». – Пер.) (провинций). Каждое бекство управлялось бегом (ниже будет употребляться принятая в русском языке транслитерация «бек». – Пер.) (на Востоке, где говорили на таджикском, он назвался «мир»), которому эмир фактически делегировал всю полноту власти над местными жителями, за исключением права решать вопрос жизни и смерти. Беков назначал эмир, который выбирал их из своих родственников и фаворитов. В наиболее важных бекствах беками, как правило, назначались сыновья эмира. Беки правили как мелкие князья, имели свой двор и свои войска. Часто для более надежного контроля какого-то удаленного бекства в центральной или восточной части Бухары эмир именовал назначенного бека
