большинству читателей в России незнакомо, меж тем есть мнение, что именно Богичевич является виновным в кровопролитных югославских войнах начала 1990-х. 12 марта 1991 года Президиум обсуждал предложение Югославской народной армии о введении в стране чрезвычайного положения, голоса членов Президиума разделились поровну, и чрезвычайное положение не было введено, причем решающим стал голос Богичевича, примкнувшего к противникам этой идеи. Сын Милорада Экмечича Илия вспоминал: «Богичевич, очевидно, не дорос до занимаемой им должности, не осознавал важность момента. Если бы членом Президиума был мой отец, события пошли бы по совсем другому пути». Тогда же, в 1991 году, Экмечич впервые встретился со Слободаном Милошевичем, по его воспоминаниям, разговор получился интересный, но лишенный практического смысла: «Милошевич полагал, что я могу повлиять на Радована Караджича, но на самом деле я никакого влияния на него не имел». Десять лет спустя академик Экмечич по просьбе бывшего лидера Сербии и Югославии выступил свидетелем защиты в Гаагском трибунале.
В 1992 году кошмар, пережитый Милорадом Экмечичем в детские годы, казалось навсегда оставшийся в прошлом, возвращается. Власть в Сараеве фактически захватывают бошняцкие (мусульманские) националисты, историка, а также его жену Милену и сына Илию берут в заложники мусульманские боевики из отряда «Зеленые береты», угрожая расправой. Причем держит в плену 65-летнего ученого и его семью печально известный Рамиз (Чело) Делалич, тот самый человек, который 1 марта 1992 года расстрелял сербскую свадьбу в Сараеве, что привело к началу Боснийской войны. Всего семья Экмечич провела сначала в плену, потом под домашним арестом 47 дней. В конце концов академику, его жене и сыну удалось бежать на территорию, контролируемую сербами, а затем в Белград. В сербской столице Милораду Экмечичу пришлось лечь на операцию из-за полученных травм головы.
Дальнейшая жизнь Милорада Экмечича полностью посвящена науке. В 1992 году он становится полноправным членом Сербской академии наук и искусств, а в 2004 году – членом президиума САНУ. В этот период (1992–2015) академик Экмечич каждые два года публикует по книге, если считать переиздания старых работ. Сложно сказать, является ли он самым читаемым сербским историком, но, безусловно, является самым издаваемым. Итогом этого, последнего периода его жизни стала книга «История сербов в Новое время (1492–1992). Долгий путь от меча до орала», впервые опубликованная в 2007 году. В интервью по поводу ее выхода Милорада Экмечича спросили: «Каким вы видите будущее этой книги?» Академик ответил: «Я очень надеюсь, что ученые будущих поколений ее превзойдут и пойдут дальше».
Милорад Экмечич скончался 29 августа 2015 года в возрасте 86 лет, в здравом уме и твердой памяти, окруженный любящей семьей. Похоронен на Новом кладбище Белграда на аллее выдающихся деятелей сербской науки и культуры. В 2019 году, по предложению президента Сербии Александра Вучича, именем академика Экмечича была названа улица в Белграде.
