Пибоди, включённая в состав университета в 1977 году. В Вашингтоне находится Школа передовых международных исследований Пола Нитце (англ.)рус., одна из ведущих в мире школ, специализирующейся на подготовке дипломированных специалистов в области международных отношений, мировой экономики, дипломатии и политики. Располагает филиалами в Болонье, Италия и Нанкине, Китай. Лаборатория прикладной физики (APL) – подразделение университета, базирующееся в округе Хауард, близ города Лорел, штат Мэриленд. Лаборатория не ведёт образовательной деятельности, а занимается исключительно исследовательской работой, включая секретную, и выступает в первую очередь в качестве оборонного подрядчика, выполняя заказы для министерства обороны США и НАСА.
Библиотеки университета включают Библиотеку Джорджа Пибоди в Консерватории Пибоди.
Научно-исследовательская и опытно-конструкторская деятельность по заказу видов вооружённых сил, родов войск и служб, а также предприятий-подрядчиков военно-промышленного комплекса США является главной статьёй дохода университета. За период с 2004 по 2014 гг. университет переместился с 16-й на 8-ю позицию в рейтинге крупнейших подрядчиков для американской военной промышленности, с ежегодными контрактами на общую сумму возросшую с $248 млн в 2004 году до $783 млн в 2014 году. Среди других научно-исследовательских структур по объёму заказов с ним конкурирует только Массачусетский технологический институт (за указанный период $746 и $951 млн соответственно), Университет штата Пенсильвания, ранее конкурировавший с университетом Джонса Хопкинса по объёму заказов, в последние десять лет выбыл за пределы двадцатки.
В 2020 году публикует ежедневную статистику по заболеваемости коронавирусом.
В 2021 году опубликовал в NATO Review серию статей по технологиям современной войны, в том числе об использовании когнитивных биотехнологий и когнитивной войны.
В 2015 году Университет Хопкинса оказался в центре скандала из-за преднамеренного заражения сифилисом граждан Гватемалы в период с 1945 по 1956 годы. Предыдущий иск в связи с экспериментами по сифилису в Гватемале, поданный 800 пострадавшими против правительства США на сумму 1 миллиард долларов, был отклонен в 2011 году, когда судья постановил, что правительство США не может нести ответственность за действия, совершенные за пределами США. Учёные университета проводили эксперименты над сотнями гватемальцев, заражая их препаратами венерических заболеваний, включая гонорею, сифилис и мягкий шанкр. Объектами экспериментов выступали заключённые, психически больные, проститутки и солдаты. Иск подавали трое выживших после экспериментов, супруги и дети испытуемых, которые сами заразились венерическими заболеваниями половым или врожденным путем, а также потомки подопытных, подавшие иски о неправомерной смерти родственников, умерших в результате осложнений, возникших в результате экспериментов
С 22 января 2020 года, с начала распространения инфекции, Университет открыл Центр ресурсов
