Именно в это тяжелое для страны время Гермоген отказался подчиняться требованиям захватчиков, их ставленников-самозванцев и бояр-предателей, став духовным вождем русского сопротивления.
В 1605 году Лжедмитрий I, образовавший для руководства страной Сенат, дал Гермогену звание сенатора и вызвал в Москву.
Сенат должен был одобрить венчание Лжедмитрия на дочери польского магната Ежи Мнишека, одного из организаторов польской интервенции в Россию, Марине Мнишек. Марина Мнишек была католичкой и, по замыслам интервентов, должна была остаться ею и став царицей России.
Гермоген потребовал, чтобы царская невеста перед венчанием приняла православие и твердо стоял на своем, за что и был отослан обратно в Казань.
После свержения первого самозванца Гермоген приехал в Москву на собор епископов, который собрался для низложения польского ставленника патриарха Игнатия. Собор возвел Гермогена в сан патриарха всероссийского.
Гермоген первым делом объявил о самозванстве Лжедмитрия, о том, что истинный царевич Дмитрий мертв, и что все, называющие себя его именем, – самозванцы. Прах царевича Дмитрия был перевезен в Москву и похоронен в Архангельском соборе, рядом с могилами его отца и братьев.
В дальнейшем при всех событиях Смуты, когда на русский престол претендовали то еще два Лжедмитрия, то польский король Сигизмунд III, то его сын царевич Владислав, Гермоген твердо держался своей позиции – русский царь должен быть православным и «от колена российского рода». С этим требованием он выступал открыто. Так, на службе в кремлевском Успенском соборе он запретил православным гражданам России присягать королю Сигизмунду, как того требовали изменившие родине бояре. Гермоген обращается прямо к народу. Он рассылает свои грамоты-послания в провинциальные русские города – Нижний Новгород, Владимир, Суздаль и другие с призывом ополчаться и идти в Москву «на литовских людей» и «изменников».
В январе 1611 года поляки заключили Гермогена в темницу Чудова монастыря. Его морили голодом, давая «на неделю сноп овса и мало воды», от него требовали, чтобы он отправил в создаваемое в провинции народное ополчение иное послание, в котором было бы сказано, что он запрещает ополченцам идти на Москву и повелевает разойтись. Гермоген отказался и из темницы благословил взять в ополчение войсковой святыней Казанскую икону Божией Матери.
В марте 1611 года в Москве началось восстание против оккупантов. Бои шли на улицах. Но силы были неравны, польские, немецкие и шведские отряды жгли город и вытесняли повстанцев на окраины. В то время, когда восстание было уже практически подавлено, к Москве подошло Первое народное ополчение, созданное в Рязани, и в ополченский отряд, стоявший возле Новодевичьего монастыря, занятого польским войском под командованием литовского гетмана Ходкевича, из Казани доставили список Казанской иконы Божией Матери. Ополченцы начали наступление и освободили монастырь. Это сражение вошло в историю под названием
