материалов в 1891 г. его удостоили высшей награды – Золотой медали имени основателя общества графа Ф.П. Литке.
В 1894 г. Морское министерство по просьбе ряда ведомств России организовало специальную гидрографическую экспедицию для исследования возможностей торгового мореплавания и навигационного обеспечения мореплавания в Арктике. Руководителем ее назначили подполковника корпуса флотских штурманов А.И. Вилькицкого. Гидрографы под руководством А.И. Вилькицкого исследовали морское побережье на участке от устья Печоры до Енисея, в Енисейском заливе и Обской губе.
Результаты работ экспедиции Вилькицкого не замедлили сказаться. Уже в 1897 г. в устья Оби и Енисея прошел караван из 12 судов, на одном из этих судов совершал переход через Карское море адмирал С.О. Макаров. В 1897 г. за отличие по службе А.И. Вилькицкий был произведен в полковники. Исследовательские работы Вилькицкого в этих районах Арктики возобновились в 1898 г. и продолжались с перерывами до 1901 г., были обследованы также южная часть Карского и Баренцева морей, пролив Югорский Шар и Печорский лиман, описаны берега и составлены подробные морские карты этого района.
В 1901 г. его назначают исполняющим обязанности помощника начальника Главного гидрографического управления (ГГУ) по научной и технической части. Но и на этом посту он не порывает с экспедицией и не раз покидает свой кабинет для работы в Арктике. В частности, в 1905 г., когда была послана экспедиция от Министерства путей сообщения на Енисей, А.И. Вилькицкий принял участие в ее организации и командовал караваном из 22 судов при прохождении через пролив Югорский Шар до устья Енисея по Северному морскому пути.
По предложению Вилькицкого была создана специальная комиссия, которая рекомендовала начать проведение высокоширотных морских исследований на специально построенных стальных экспедиционных судах. Невский судостроительный завод выиграл конкурс на лучший проект таких судов, и в апреле – мае 1909 г. два ледокольных парохода вошли в строй русского флота. Их назвали «Таймыр» и «Вайгач». Они были хорошо оборудованы для проведения широкого комплекса научно-исследовательских и гидрографических работ.
Казалось бы, лучшего начальника Главного гидрографического управления, кроме Вилькицкого, трудно было найти, но у Вилькицкого не было высоких покровителей. В 1907 г. его производят в генерал-майоры и назначают лишь исполняющим обязанности начальника управления. Лишь в 1909 г. его производят в чин генерал-лейтенанта Корпуса флотских штурманов, и на четыре года А.И. Вилькицкий становится руководителем российской гидрографии, официально утвержденным в этой должности.
Именно в этот период русская гидрография вышла на международную арену. А.И. Вилькицкий добился представительства ГГУ в Постоянной международной ассоциации судоходных конгрессов, русские гидрографы участвовали в международных выставках, конференциях, съездах и в работах по обеспечению
