Начало было успешным: восставшие уничтожили отряд самураев (2800 человек), посланный на подавление мятежа, а затем захватили замок Хара. Войска сёгуна (до 200 тысяч человек), осадившие крепость, смогли взять ее только после многодневного штурма при поддержке корабельной артиллерии голландских купцов (в апреле 1638 г.), потеряв более десяти тысяч человек.
После подавления восстания были казнены свыше 37 тысяч его участников, а также сочувствовавших. Сёгунат, обвинивший в организации восстания «варваров-христиан», запретил иностранцам въезд в страну и разорвал отношения с Португалией, казнив членов ее посольства. В 1640 г. были прерваны отношения и с Голландией.
После 1641 г. Япония стала закрытой страной, все контакты с иностранцами ограничивались портом Нагасаки: 70 китайских и 5 голландских судов в год. Однако полностью искоренить христианство японским властям не удалось. На севере острова Кюсю и на юго-западе острова Хонсю сохранились немногочисленные общины тайных христиан, обычно маскировавшихся под буддийские секты.
В последующие двести с лишним лет на территории Японии не было ни одного крупного вооруженного конфликта. Десять поколений самураев периода Эдо никогда не принимали участия в сражениях. А участие в разгроме повстанцев в Симабаре стало последней операцией, в которой синоби действовали как разведчики и диверсанты.
«Начиная с эпохи Канъэй (1624.II – 1644.XII) наметилась новая тенденция в развитии секретной службы оммицу. К этому времени ситуация в стране в значительной степени стабилизировалась, и период опасливого отношения к потенциальным мятежникам-дайме ушел в прошлое. Тайные агенты все меньше и меньше использовались для слежки за князьями и их вассалами, и в целом их численность резко сократилась. Однако система секретной агентуры не разрушилась окончательно, хотя и претерпела коренные изменения. Этому в немалой степени способствовали бурное развитие городов, прежде всего Эдо, Киото и Осаки, формирование городского сословия, увеличение численности населения в стране, рост числа крестьянских выступлений. В этих условиях усилия тайной службы все чаще направлялись на поддержание порядка и контроль за настроениями масс. Таким образом, система мэцукэ постепенно трансформировалась из секретной службы политического и военного характера в секретный полицейский аппарат. В этот период многие специалисты по синоби-дзюцу стали переходить под начало городских и храмовых управляющих (буге). А деятельность по контролю за дайме хотя и не была полностью свернута, но продолжалась в гораздо меньших масштабах.
Так, многие ерики (полицейские) из числа Кога-моно заняли важные посты в полицейской структуре, а Ига-моно по большей части остались на прежнем месте службы в качестве садовников-телохранителей, и лишь некоторые из них поступили на службу в полицию. Такая разница в судьбах Ига-моно и Кога-моно объясняется различиями в их подготовке. Дело в том, что Кога-моно по большей части были выходцами из слоя тюнинов.
