начале июня 2000 года среди мусульманских духовных лидеров, исламоведов и журналистов началась оживленная дискуссия, вызванная предложением Ахмада Кадырова – новоутвержденного главы чеченской администрации законодательно запретить ваххабизм. В развернувшейся полемике приняли активное участие и лидеры ЦДУМ., обвинившие своих оппонентов в приверженности «чистому» исламу и оказанию помощи его миссионерам. В свою очередь, сторонники Совета муфтиев России высказывались о ваххабизме крайне осторожно, явно опасаясь испортить отношения с саудовскими и кувейтскими партнерами.
Используя сохранившиеся связи в Администрации Президента и правительстве, ЦДУМ смогло заручиться поддержкой премьер-министра В.В. Путина, который увидел в этой структуре главного союзника в деле борьбы с ваххабизмом. За несколько дней до президентских выборов 2000 года в Кремле прошла встреча Путина с верховным муфтием Талгатом Таджуддином, на которой председатель ЦДУМ заявил о полной поддержке «решительных и смелых действий» и.о. президента209.
Через три месяца, 5 июня 2000 года правительство Республики Башкортостан предприняло попытку присоединить ДУМ РБ к ЦДУМ., оказав давление на муфтия Нурмухаммеда Нигматуллина. Из-за утечки информации и неуклюжих действий исполнителей эта инициатива получила широкую огласку и привела к громкому скандалу, итогом которого стала отставка госсекретаря Республики Башкортостан Ильдуса Адигамова. Совет муфтиев России выпустил экстренное заявление «О нарушении прав мусульман рядом государственных структур в Республике Башкирия», а в прессу просочились слухи, что башкортостанские власти действовали по указке федерального центра и ФСБ210.
В данном заявлении, в частности, упоминалось, что «7 июня в здании ДУМ РБ в Уфе состоялась межконфессиональная конференция с участием Православной церкви и Синагоги, которые также высказали свои претензии к аппарату Президента РБ». Эта фраза породила новый скандал, так как ни Уфимская епархия, ни иудейские организации Башкортостана вовсе не выражали поддержку ДУМ РБ и не озвучивали никаких претензий к башкортостанским властям.
30 июня в Москве прошло заседание Совета муфтиев России, посвященное рассмотрению вопроса о возможном законодательном запрете ваххабизма на всей территории России211. Сопредседатели Совета констатировали, что бескомпромиссная антиваххабитская позиция ЦДУМ импонирует и федеральной власти, и средствам массовой информации, в связи с чем было принято решение бороться с Талгатом Таджуддином его же оружием. В принятом по итогам заседания обращении председателю ЦДУМ были предъявлены встречные обвинения «в покровительстве внедрению экстремизма в форме ваххабизма на территории РФ»212.
Вскоре острая, но достаточно голословная полемика между Советом муфтиев России и ЦДУМ получила явное подтверждение правоты одной из сторон. 27 июля 2000 года сотрудниками Управления ФСБ по Свердловской области был задержан
