дивизии в г. Смела. С сентября 1932 г. командир 283-го стрелкового полка 95-й стрелковой дивизии в г. Ананьев. С 8 февраля 1934 г. исполнял должность пом. начальника береговой обороны и коменданта Кронштадтского УРа по материальному обеспечению Морских сил Балтийского моря. С февраля 1936 г. проходил службу на курсах «Выстрел» в должностях начальника отделения слушателей, затем начальника 1-го курса.
С января по август 1938 г. прошел обучение на этих курсах, затем вернулся на прежнюю должность. С 9 февраля 1939 г. полковник М. Е. Козырь был назначен начальником военизированной охраны водного транспорта СССР. В марте 1940 г. по личной просьбе переведен на должность пом. начальника по строевой и учебной части, он же начальник учебного отдела КУКС запаса МВО (ст. Трудовая). В октябре 1940 г. назначен зам. командира 42-й стрелковой дивизии ЗапОВО. С началом Великой Отечественной войны дивизия в составе 28-го стрелкового корпуса 4-й армии Западного фронта оборонялась в районе Брестской крепости, на которую наступал 12-й армейский корпус противника. Под ударами превосходящих сил противника она вынуждена была отходить на Кобрин и Бобруйск. В начале июля 1941 г. в составе корпуса была выведена в резерв фронта и после доукомплектования вошла в состав 21-го стрелкового корпуса 21-й армии Западного, затем Центрального фронтов и вела боевые действия на гомельском направлении, отражала наступление превосходящих сил противника под г. Рогачёв, Жлобин. С августа дивизия входила в состав 67-го стрелкового корпуса 21-й армии Брянского фронта и участвовала в Смоленском сражении. С 6 сентября дивизия в составе армии вошла в подчинение Юго-Западного фронта. В ходе Киевской оборонительной операции она вела бои в районе Пирятина и южнее г. Сумы. Будучи вместе с основными силами армии в окружении, дивизия во второй половине сентября сумела выйти из вражеского кольца в районе г. Прилуки и заняла рубеж на р. Псёл. Затем оттуда она была отведена в район Ахтырки на доукомплектование. В ноябре полковник М. Е. Козырь назначен начальником отдела боевой подготовки 1-й ударной армии Западного фронта. С января 1942 г. вступил в командование 84-й морской стрелковой бригадой. В середине января она в составе армии была выведена в резерв Ставки ВГК, затем перегруппирована в район юго-восточнее г. Старая Русса и со 2 февраля передана в подчинение Северо-Западному фронту. В этом же боевом составе участвовала в Демянской наступательной операции, в освобождении рабочего поселка Бородино (под Клином) и районного центра Теряева Слобода. С июля по сентябрь 1942 г. находился в госпитале по болезни, затем был направлен в распоряжение Военного совета Северо-Западного фронта. С 8 октября допущен к командованию 391-й стрелковой дивизией. Ее части в составе 1-й ударной армии Северо-Западного фронта активно действовали в Демянской наступательной операции 1943 г. В марте 1943 г. генерал-майор М. Е. Козырь переведен командиром 7-й гвардейской стрелковой дивизии. 3.5.1943 он был освобожден от должности «как не справившийся с работой» и зачислен в распоряжение ГУК. Затем в конце июля назначен начальником филиала
