войско захватило Эдинбург и двинулась на крепость Бортуик, где в это время Мария и Босвел пытались переждать бурю. Силы были слишком не равными. Королеве поставили условие: она должна отказаться от брака с Босвелом и вместе с войском лордов вернуться в Эдинбург. Ей пришлось согласиться, а Босвел вынужден был спасаться бегством.
Королеву везли в столицу в окружении солдат, что само по себе было для нее унижением. Потом ее заключили в замок Лохливен, который находился посреди озера и был отрезан от суши. Под угрозой обвинения в убийстве Дарнли Марию заставили отречься от престола в пользу Иакова. Регентом при малолетнем короле стал Меррей.
В Европе по-разному отнеслись к заключению королевы. А в Шотландии ее стали считать особой, которая недостойна королевского венца. Однако неожиданно на ее сторону встала Елизавета. Английская королева понимала, что, защищая Марию, она защищает собственную королевскую власть. Королевскому совету Шотландии Елизавета написала несколько писем. В одном из них она увещевала мятежников: «Вашего обращения с королевой Шотландии мы не можем ни одобрить, ни стерпеть. Велением Божьим вы – подданные, а она ваша госпожа, и вы не вправе приневолить ее к ответу на ваши обвинения». Однако лорды не вняли письмам королевы соседнего государства, и Елизавете пришлось отступить.
Босвел был далеко. Он бежал в Данию, но прислал в Эдинбург слугу, который должен был выкрасть из его дворца ларец с важными бумагами. Посланца схватили и подвергли пыткам. Не выдержав их, слуга выдал тайник. Ларец был найден и открыт в присутствии шотландских лордов. В нем находились бумаги Босвела, письма и сонеты королевы и другие важные документы. Они свидетельствовали о причастности королевы к убийству Дарнли. В шотландском парламенте «письма из ларца» были зачитаны вслух. Их содержание стало широко известно и в Европе. Однако уже тогда многие считали эти письма подделкой. В наши дни ученые тоже разделились на два лагеря: одни считают их фальсификацией, другие убеждены в их подлинности.
Казалось, Марии не на что надеяться. Но она продолжила борьбу. 2 мая 1568 года ей с помощью Джорджа Дугласа, одного из лордов-католиков, удалось бежать из Лохливена. Мятежный лорд сумел собрать под ее знамена 6 тысяч воинов. Однако 13 мая Меррей разбил это войско. Марии пришлось бежать в Англию и обратится за помощью к Елизавете. С этого момента фактически и начинается история суда, а точнее, судов над шотландской королевой.
Елизавета отказалась от свидания с Марией и выдвинула условие: та должна очиститься от обвинения в соучастии в убийстве Генри Дарнли. Мария Стюарт после некоторого колебания согласилась. Для расследования дела была создана комиссия из английских пэров. Главным обвинителем был Меррей, а защищал Марию епископ Лесли. Первый суд не нашел достаточного количества улик против королевы. Однако и подозрения с шотландской королевы сняты не были. Елизавета по-прежнему не допускала ее ко двору, но и выпускать из Англии не хотела, опасаясь за свою власть
