Р были разрешены некоторые формы частного предпринимательства, Михаил с товарищами использовали свои комсомольские связи для создания Центра научно-технического творчества молодежи, который был призван заниматься внедрением новых научно-технических разработок в производство. На раннем этапе существования Центра поддержку Ходорковскому оказывали Сергей Монахов, первый секретарь Фрунзенского райкома комсомола, Игорь Смыков, член МГК ВЛКСМ. Сам Ходорковский был одним из секретарей Фрунзенского РК ВЛКСМ г. Москвы. Параллельно с этой деятельностью Ходорковский продолжал учебу – на этот раз в Плехановском институте народного хозяйства.
Созданный Ходорковским центр быстро стал коммерчески успешной организацией. Как и многие другие кооператоры конца 1980-х, Ходорковский с партнерами вскоре занялся импортом и сбытом компьютеров и пр. – бизнесом, который в ту пору приносил высокие прибыли. Одновременно Центр зарабатывал на так называемом обналичивании средств. В то время НИИ, в отличие от НТТМ, не имели права выплачивать своим сотрудникам за выполняемые сторонние заказы реально заработанные деньги. Чтобы обойти это ограничение, НИИ пропускали свои заказы через центры НТТМ, выплачивая им комиссионные – вначале 25 %, но постепенно, с ростом предложения этих услуг, суммы комиссионных снизились. Обналичивание средств было распространенной и узаконенной деятельностью. Ходорковский и коллеги просто занялись этим видом деятельности одними из первых, и уже в 1988 году суммарный оборот торгово-посреднических операций ЦНТТМ составил 80 миллионов рублей.
Используя деньги, полученные от своего бизнеса, в 1988 году Ходорковский с партнерами создали КИБ НТП (Коммерческий Инвестиционный Банк Научно-Технического Прогресса), переименованный в 1990 в «Менатеп» (сокращение от «Межбанковское объединение научно-технического прогресса» или «Межотраслевые научно-технические программы»). Будучи одним из первых негосударственных акционерных банков в СССР, «Менатеп» быстро расширялся, используя большую часть средств, полученных от продажи акций, для финансирования экспортно-импортных операций.
К тому времени как самим предпринимателям, так и многим высокопоставленным чиновникам была понятна обоюдная выгода от сотрудничества между негосударственными банками и государственными учреждениями, отвечающими за финансирование целевых правительственных программ. «Менатеп» быстро занял свое место среди так называемых «уполномоченных» банков, куда также входили Инкомбанк, Российский кредит, Альфа-банк, ОНЭКСИМ-банк, Автобанк, Промстройбанк и другие. Смысл этого заключался в том, что государственные учреждения открывали счета в определенных («надежных») коммерческих банках, которые таким образом получали в свое распоряжение дешевые государственные средства и могли зарабатывать себе на них прибыль (которая, в свою очередь, предоставлялась в виде кредитов госучреждениям).
Распад СССР и приход к власти Бориса Ельцина резко ускорил переход российской экономики на рыночные рельсы. Была осуществлена масштабная программа приватизации, в ходе которой значительная доля российской промышленности оказалась сконцентрирована в руках нескольких финансово-промышленных групп (ФПГ), ядром которых являлись коммерческие банки, а реальными владельцами – те, кого впоследствии назовут «олигархами».
«Менатеп», как и другие коммерческие банки, принял активнейшее участие в приватизации – в качестве наиболее прибыльных руководством банка были определены такие сферы, как текстильная промышленность, пищевая промышленность, строительство, промышленность строительных материалов, цветная металлургия (титан и магний), производство минеральных удобрений. Для руководства деятельностью зарождавшейся промышленной империи была создана специальная организация – «Роспром», для работы в которой привлекались лучшие специалисты бывших промышленных министерств и финансовых учреждений.
Часть предприятий, принадлежавших «Роспрому», позднее была перепродана, и к концу 1990-х годов от объектов первоначальной приватизации в собственности Ходорковского и партнеров остались в основном лишь предприятия, добывающие сырье для производства минеральных удобрений («Апатит» в Мурманской области) и занимающиеся его переработкой и транспортировкой. Впоследствии, через 10 лет, именно за нарушения, допущенные в ходе приватизации «Апатита», Михаил Ходорковский и его партнер Платон Лебедев будут осуждены, хотя их деятельность в те годы ничем не отличалась от деятельности остальных предпринимателей, была известна правительственным чиновникам и проводилась с их одобрения…
Осенью 1995 года банк «Менатеп» получил право на участие в аукционе на пакет акций госкомпании ЮКОС. Ходорковский и пять его партнеров стали владельцами 78 % акций компании, заплатив 309 млн. долларов. Купив ЮКОС, Михаил Ходорковский сразу остыл к банковскому делу и увлекся развитием нового бизнеса. Вспомнив свое первое образование, Ходорковский вплотную изучил процессы нефтедобычи и нефтепереработки, лично объездил все нефтедобывающие управления и НПЗ, вникая во все проблемы.
Следует сказать, что ситуация в компании в 1996–1998 была совсем иной, нежели в 2004
