работы ваших сетей, хранилищ данных и прочих «железных» компонент очень важно для администратора суперкомпьютера. Без этих знаний часто бывает невозможно решить проблемы, возникающие в таких вычислительных комплексах.
Ключевые слова для поиска
rdma, hpc interconnect, numa, smp, cache, latency.
Глава 3. Как работает суперкомпьютер
Рассмотрим стек ПО, который необходим для обеспечения работы суперкомпьютера. Очевидно, что в первую очередь это операционная система, затем системное ПО, которое требуется для работы аппаратной части, – драйверы и т. п., а также ПО для файловой системы.
Следующая часть – набор ПО для организации загрузки и ПО для удалённого доступа. Далее – система контроля запуска заданий (система очередей, batch system). Потом следует ПО, необходимое для работы параллельных программ: готовые параллельные пакты и библиотеки – MPI, Cuda и т. п.
Обязательный компонент – компиляторы и дополнительные библиотеки, часто требующиеся для вычислительных программ, такие как BLAS, FFT и др. Для организации полноценного управления суперкомпьютером также потребуются ПО для организации резервного копирования, мониторинга, ведения статистики, визуализации состояния суперкомпьютера.
Как происходит типичный сеанс пользователя
Существует множество вариантов организации работы с конкретными вычислительными пакетами, которые предоставляют собственный интерфейс для работы с суперкомпьютером. Мы будем рассматривать «общий» вариант.
Итак, пользователь работает на своём компьютере – рабочей станции, ноутбуке, планшете и т. п. Для начала сеанса он запускает ssh-клиент (putty, openssh и т. п.), вводит адрес, логин, указывает пароль или файл с закрытым ключом (или загружает профиль, где всё это уже указано) и открывает соединение с суперкомпьютером. Попав на узел доступа, пользователь может отредактировать и откомпилировать собственную параллельную программу, скопировать по протоколу sftp входные данные. Для запуска программы пользователь выполняет специальную команду, которая ставит его задание в очередь. В команде он указывает число требуемых процессов, возможно, число узлов и другие предпочтения, а также свою программу и её аргументы. Пользователь может проверить статус своего задания, посмотреть список заданий в очереди. Если он понял, что в программе ошибка, то может снять её со счёта или удалить из очереди, если она ещё не запустилась.
При необходимости можно поставить в очередь и несколько заданий (например, если нужно обработать несколько наборов входных данных). После того как задание поставлено в очередь, его ввод/вывод будет перенаправлен в файлы, поэтому можно спокойно завершить сеанс и проверить состояние задания или посмотреть/скачать результаты позже, в другом сеансе. Большинство систем управления заданиями позволяют запустить задание и интерактивно, связав её ввод/вывод с терминалом пользователя. В этом случае придётся оставлять сеанс открытым до тех пор, пока задание стоит в очереди
