Публикация столь важного документа произвела впечатление разорвавшейся бомбы. Газеты самых разных политических направлений требовали тщательного расследования и выяснения всех обстоятельств дела. Теперь уже было невозможно ограничить роль Чрезвычайной следственной комиссии и автоматически отпала возможность быстрого решения дела, путем проведения военно-революционного суда.
8 сентября Чрезвычайная комиссия под охраной кадет Киевского корпуса прибыла в Бердичев. Но не прошло и нескольких минут после посещения членами комиссии, как в камеру к арестованным ворвались вооруженные солдаты, арестовали всех членов комиссии, посадили на автомобиль и под стражей увезли, но вскоре отпустили.
На следующий день, И. Шабловскому и Н. Украинцеву удалось добиться от Бердичевского Совета отсрочить на неделю передачу дела военно-революционному суду, до получения отзыва от Петроградского Совета рабочих и солдатских депутатов.
После недолгих переговоров Петросовет согласился с тем, что дело по обеим группам должно расследоваться совместно и приказал перевести членов «Деникинской группы» из Бердичев в Быхов, что и было исполнено.
Ситуация двоевластия и конкуренции Петросовета и Временного правительства оказалась как нельзя кстати для Шабловского, Украинцева и фон Раупаха, сумевших спасти участников «корниловского мятежа» от скорой и неминуемой расправы толпы, а также освободиться от давления со стороны Керенского, поскольку Петросовет очень заинтересовался установлением всех обстоятельств дела и даже включил в состав Комиссии членов своего ЦИК В.Н. Крохмаля и М.И. Либера, которые должны были контролировать следствие.
Чрезвычайная комиссия, произведя тщательное расследование, допросив подследственных и свидетелей, рассмотрев все доступные документы, смогла найти только два обстоятельства, которые могли бы с натяжкой объяснить подготовкой к активному военному выступлению.
Во-первых, в Ставке находился Главный комитет Союза офицеров армии и флота, который предлагал Корнилову отдать приказ штабам всех армий, представить Союзу списки всех офицеров, известных своими большевицкими симпатиями, но когда управляющий Военным министерством Б. Савинков узнал об этом, то уговорил Верховного Главнокомандующего отказаться от данного распоряжения.
Во-вторых, 25 августа вместо проведения занятия по английскому способу метания бомб со съехавшимися для этого офицерами, была проведена беседа, на которой их предупредили, что в ближайшие дни в Петрограде может произойти выступление большевиков, для подавления которого направлен 3-й кавалерийский корпус.
Если эти два обстоятельства с грехом пополам можно было рассматривать, как попытки к восстанию, то демократические группы, работавшие на местах, не выявили ни одного факта подготовки к мятежу. Один только Керенский настойчиво продолжал держаться обратного мнения, он-то и был вызван на заседание Комиссии
