Vorläufer von Stämmen, die der Chumash- und Yuki-Sprachfamilie zugeordnet wurden. In einer zweiten Einwanderungswelle, die vor ca. 8.000 Jahren begann, kamen dann die Urahnen der Hoka-Sprachfamilie hinzu. Neue Stämme der Penuti- und Takic-Sprachfamilie wanderten vor etwa 4.000 Jahren von Osten her in Kalifornien ein und besiedelten dabei die weniger fruchtbaren Gebiete im Central Valley und der Sierra Nevada. Ihnen folgten die Stämme der Numic-Familie und die der Athapasken und Algonkin, die vor etwa 1500 bis 750 Jahren von Osten her nach Nordwestkalifornien kamen und dabei die Bewohner der Küstenregionen nach und nach verdrängten. Dieses geschah, anders als bei den Weißen üblich, zumeist ohne Gewalt, da die Neuankömmlinge technische Innovationen wie Pfeil und Bogen für die Jagd sowie Netze und Reusen für den Fang von Lachsen für sich entdeckt hatten. Sie bildeten dauerhafte Besiedlungen mit einer höheren Bevölkerungsdichte, was am Ende zu einer „Zersplitterung“ der früheren Gruppen und zu einer der vielfältigsten Anzahl von Indianerstämmen führte, die es in ganz Nordamerika gab. Zwischen der Gebirgskette der Sierra Nevada im Osten sowie dem Küstengebirge und dem Pazifik im Westen entwickelte sich ein buntes Völkergemisch und das milde Klima und eine reichhaltige Natur bot den Indianern, die dort lebten, alles, was sie zum Leben benötigten. So besaß Zentralkalifornien zu jener Zeit tatsächlich die höchste Bevölkerungsdichte in ganz Nordamerika.
Die kalifornischen Indianer lebten in Stroh-, Rinden- oder Fellhütten, Erdhütten, Tipis oder Blockhäusern. Sie machten Jagd auf Kleinwild oder Hirsche, fingen Wasservögel, jagten Wale, Seehunde, Seelöwen, Delphine und Otter und fingen Fische, wie Thunfisch oder Heilbutt, und betrieben darüber hinaus eine intensive Sammelwirtschaft, die ihnen eine auf Vorratshaltung ausgerichtete, sesshafte Lebensweise ermöglichte. Darunter fiel das Sammeln von Wildfrüchten, Wurzeln, Nüssen und Wildpflanzen, den Anbau und Verzerr von Mais sowie das Sammeln von Eicheln, die, sobald sie getrocknet und durch Auslaugen von den Bitterstoffen befreit worden waren, zu Mehl und dann zu Brei, Suppe oder Brot verarbeitet wurden. Als Kochutensilien dienten dabei wasserdicht geflochtene Körbe, in denen man erhitzte Steine tat. Körbe bildeten somit auch den wichtigsten materiellen Kulturbesitz, wobei die Vielfalt der Flechttechniken nirgendwo in Nordamerika größer als bei den Pomo, Maidu, Cumash und den anderen indianischen Gruppen in Kalifornien gewesen war. Darüber hinaus wurden die jeweiligen Sammel- und Fischgründe ökologisch gehegt und gepflegt und als die ersten Europäer in Kalifornien eingetroffen waren, mussten sie mit Erstaunen die parkähnlich angelegten Kulturareale der „wilden“ und „ungebildeten“ Ureinwohner zur Kenntnis genommen haben.
Der für die spanische Krone segelnde Portugiese Juan Rodriguiez Cabrillo (1499-1543) führte im Juni 1542 eine Expedition, bestehend aus zwei Schiffen, von der Westküste Spaniens aus nach Kalifornien, wo er am 28. September 1542 in der San Diego Bay landete und dort die „Island of California“ für Spanien beanspruchte, da man zu jener Zeit davon ausgegangen war, dass es sich um die Landzunge, die heute zu Mexiko gehört, um eine Insel gehandelt hatte. Dieses wurde von dem englischen Seefahrer Sir Francis Drake (um 1540-1596) jedoch nachhaltig widerlegt. Er war der erste, der die gesamte Küste Kaliforniens erforschte und einen umfangreichen Besitzanspruch erhob. Am 17. Juni 1579 landete er nördlich der San Francisco Bay und proklamierte New Albion im Namen von Queen Elizabeth I. für die englische Krone. Danach folgten weitere spanische Expeditionen, darunter die von Sebastian Vizcaino (1548-1625) im Jahre 1597 oder Francisco Ortega im Jahre 1632 bis 1636. Durch das kurzzeitig drohende Eindringen des zaristischen Russlands nach Kalifornien im Jahre 1765, beschloss Spaniens König Karl III (1716-1788) die Errichtung von Missionen in Nordkalifornien und so wurden zwischen 1774 und 1791 zahlreiche Expeditionen ausgesandt, um den Nordwesten Mexikos zu erkunden. Spanische Missionare errichteten kleine Siedlungen, die am Ende auch eine dominierende Rolle bei der Zurückdrängung und Dezimierung der indianischen Bevölkerung Kaliforniens spielten. Nach der mexikanischen Unabhängigkeit von Spanien, im Jahre 1821, wurden diese Missionen Eigentum der mexikanischen Regierung. Sie wurden rasch aufgelöst und standen am Ende verlassen dar. Um sie herum entstanden viele der heutigen kalifornischen Großstädte, die vielfach religiöse Namen bekamen. Los Angeles z. B. wurde nach der Jungfrau Maria benannt, San Francisco nach dem heiligen Franz von Assisi, San Jose nach dem heiligen Joseph von Nazareth und San Diego stand für den heiligen Didacus. Große Rinderfarmen wurden errichtet und beherrschten das Bild des Landes, während große Teile Kaliforniens dünn besiedelt gewesen waren, wobei das feuchtwarme Klima für eine unerfreulich hohe Population von Moskitos und Flöhen in dem Land sorgte, die Krankheiten, wie die Malaria oder das Gelbfieber übertrugen.
Im Juni 1846 riefen einige amerikanische Siedler unter William Brown Ide (1796-1852) im Sacramento Valley die Republik Kalifornien aus und hissten über Sonoma die „Bear Flag.“ Die Republik überlebte ganze 24 Tage, dann segelte Commodore John Drake Sloat (1781-1867) auf Order Washingtons nach Monterey und in die Bucht von San Francisco ein und beanspruchte Kalifornien für die Vereinigten Staaten. Nach dem Krieg wurde das Gebiet zwischen Mexiko und den Vereinigten Staaten aufgeteilt. Der mexikanische Teil, Baja (unteres) California, wurde später in die Bundesstaaten Baja California und Baja California Sur geteilt. Der westliche Teil des US-amerikanischen Staatsteils, Alta (oberes) California, sollte der Bundesstaat Kalifornien werden. Die erste Hauptstadt wurde San Jose, die dann 1852 von Vallejo und dann 1853 von Benicia und schließlich Sacramento abgelöst wurde.
Nachdem Kalifornien ein US-Bundesstaat geworden war und Tausende von Goldsuchern das Sacramento Tal auf der Suche nach Gold durchwühlten, sahen sich die friedliebenden Indianer Kaliforniens mit einer neuen Politik der Vertreibung und Unterdrückung konfrontiert, die von den Spaniern eingeführt, von den Mexikanern übernommen und von den Amerikanern schließlich perfektioniert wurde. Die Ureinwohner wurden vertrieben, ihre Kinder entführt und verkauft und selbst die Zwangsarbeit wurde vom kalifornischen Parlament 1850 per Gesetz legalisiert. So merkte die in San Francisco erscheinende Zeitung „Alta California“, in einem ihrer Artikel an, dass das Verschwinden der Indianer nur konsequent bei der Erschließung des Staates sei und stellte später ferner fest, dass fast alle Kinder, die zu einem der Indianerstämme im nördlichen Kalifornien gehört hatten, entführt worden waren.
Je mehr Weiße ins Land strömten, um so härter wurde gegen die Indianer in dem Land vorgegangen. So hatten bereits amerikanische Truppen unter der Führung von John Charles Fremont (1813-1890) und Christopher „Kit“ Carson (1809-1868) während des Krieges mit Mexiko eine Versammlung der Yahi in der Nähe des Sacramento Rivers überfallen und dabei rund 200 Indianer getötet. Als 1848 Gold in dem Land gefunden wurde, strömten Siedler und Goldsucher in das Gebiet der Yahi und blockierten den Zugang zu den Flüssen, wie dem Feather oder Yuba River, von deren Lachsreichtum die Yahi lebten. Viele von ihnen starben an Hunger oder wurden das Opfer der weißen Siedler, die das Land der Indianer nun für sich alleine beanspruchten. Nach Ende des Amerikanischen Bürgerkrieges hatten weniger als 100 der Yahi überlebt und 1871 flohen die wenigen Überlebenden in die Berge und hielten sich dort für mehr als 40 Jahre in den abgelegenen Canyons verborgen. Am Ende lebten nur noch sieben Yahi im Deer Creek Tal. Der letzte von ihnen war Ishi, der 1911 in Oroville von einem Sheriff entdeckt wurde. Er wurde an die Universität in Berkeley gebracht, wo er im anthropologischem Museum lebte und dort dem Anthropologen Alfred Kröber beim Studium der Yahi-Sprache und -kultur zur Seite gestanden hatte. Als Berühmtheit starb er am 25. März 1931, bezeichnenderweise an der von den Weißen eingeschleppten Krankheit der Tuberkulose.
Clear Lake im Lake County, Kalifornien, war ein Ort, wo sich der Stamm der Pomo traditionell zum Frühlingsfischlaich versammelte. Eine Gruppe der Pomo wurden 1847 von den beiden Siedlern Andrew Kelsey und Charles Stone gefangen genommen, um sie für Zwangsarbeiten zu missbrauchen. Die Pomo wurden misshandelt und bekamen kaum etwas zu essen. Im Herbst 1849 zwang Kelsey 50 Pomo, als Arbeiter, an einer Expedition zu den Goldfeldern teilzunehmen. Kelsey erkrankte dort an der Malaria und verkaufte die Essensrationen an andere Goldgräber. Die Pomo verhungerten und nur zwei von ihnen kehrten lebend zu ihrem Volk zurück. Darüber hinaus zwangen Stone und Kelsey Pomo-Eltern regelmäßig, ihre Töchter zu ihnen zu bringen, damit diese dort sexuell missbraucht werden konnten. Falls sie sich weigerten, wurden sie gnadenlos ausgepeitscht. Am Ende eskalierte die ganze Situation und die Pomo begannen sich zur Wehr zu setzen:
