Там алхимик Р. Фладд полемизировал с теми, кто сомневался в существовании ордена.
Близость или участие в Братстве приписывали знаменитому немецкому философу Лейбницу, английскому историку И. Эшмолу, священнику Томасу Вогену. Последний окончил Оксфордский университет, издал под псевдонимом Евгений Филалет ряд трудов по алхимии, по вопросам сверхчувственного знания и мистическим тайнам. В 1652 году Т. Воген, издавший в английском переводе «Весть» и «Исповедь», выражал полную уверенность в существовании ордена, но не знал, имелись ли его ответвления в Англии.
Уже в первой половине XVII века высказывалось подозрение, что иезуиты позаботились о засылке своих агентов в ряды Братства. На деле первоначально снисходительное отношение высших сановников католической церкви к ордену сменилось преследованиями, к которым явно приложили руку иезуиты. В 1620 году Адам Хазелмейер, придворный юрист или даже секретарь эрцгерцога Максимилиана, вместе с другими розенкрейцерами был как еретик осуждён на пожизненную каторгу на галеры, а сам орден был объявлен «зловредным обществом магов». По некоторым сведения, пятеро розенкрейцеров были повешены в Германии за принадлежность к Братству. В своих мемуарах кардинал Ришелье писал о «превратных мнениях» розенкрейцеров.
Появившиеся в первые десятилетия XVII века произведения розенкрейцеров вызывали у лютеран сомнения относительно религиозной ортодоксальности ордена и ярые нападки со стороны католиков. Розенкрейцеров подозревали в связи с дьяволом, колдовстве, в том, что они склоняют доверчивых людей к занятиям магией, пагубным для души, и вообще в вольнодумстве.
Братству розенкрейцеров приписывали важную роль в создании через ряд других организаций («Колледж Грешэма» и др.) в 1662 году английского Королевского общества – первой в Европе Академии наук. Унаследованные формы мистики и магии служили порой лишь оболочкой, в которой происходило формирование новых научных идей, основ передового мировоззрения последующей эпохи Просвещения, складывание по сути противостоявшего церковной схоластике взгляда на природу и общество.
В конце XIX и начале XX века в Англии были изданы книги, утверждавшие, что главой Ордена розенкрейцеров был Фрэнсис Бэкон.
Духовник короля Якова I Джозеф Глэнвиль передаёт, что Бэкон создал общество для осуществления своих любимых идей. Писательницей миссис Потг и её единомышленниками была выдвинута гипотеза о том, что Фрэнсис Бэкон изложил идеалы Братства розенкрейцеров в утопии «Новая Атлантида» (1624), изданной посмертно, в 1627 году. Эта гипотеза подкреплялась утверждением, будто Бэкон передал наследие розенкрейцеров масонам.
Утверждают, будто в «Новой Атлантиде» воспроизводятся символы розенкрейцеров, которые потом были заимствованы у них масонами, – солнце, луна, звезда, куб, угломер. А вот среди самих знаков и символов надо обнаружить изобретённые Бэконом с целью ввести в заблуждение того, кто хотел бы проникнуть в тайны общества.
