Долго колебался в выборе исследовательской темы. Служил управляющим домами (вместо отца). Упорно и трудолюбиво занимался в Московском архиве Министерства юстиции (МАМЮ). С 1898 года – приват-доцент Московского университета. Работа над диссертацией заняла четыре года. В 1902 году защитил ее по теме «Областная реформа Петра Великого. Провинция 1719–1727 гг.».
Книга содержательная и талантливая, написана по архивным источникам. Она посвящена проблеме соотношения замыслов и реальному функционированию новых административных и финансовых институтов. С точки зрения историка, русское общество проявило полнейшее равнодушие к местному самоуправлению. Дворянству оно не давало дополнительных привилегий, а простому люду не сулило никаких улучшений в социальном положении. Оппоненты – М. К. Любавский и А. А. Кизеветтер. Еще более широка и интересна его докторская диссертация «Земское самоуправление на русском севере в XVII в.» (Т. 1–2. М., 1909–1912), защищенная с теми же оппонентами. Первый том (собственно докторская) посвящен анатомии земских учреждений на основе писцовых книг и дел Новгородской и Устюжской четвертей. Автор показал двойственный характер собственности на черные земли (государства и крестьян), нарисовал облик поморской деревни, отношения государства и земства. Исследовательский талант М. М. очевиден. «Из огромной глыбы архивных документов он сумел изваять стройное скульптурное изображение северного русского поморья…» – писал Г. Вернадский.
В 1907 году историк женился, через год у него родился сын Михаил. Ведет много занятий: понедельник и вторник – лекция и семинар в духовной академии (Сергиев Посад), среда – Высшие женские курсы, четверг и суббота – Московский университет. С 1910 года – профессор, с 1911 года – преемник В. Ключевского на кафедре в университете. Желал сберечь традиции последнего в университете. Человек консервативный, он считал противление власти ненужным. А. А. Кизеветтер так нарисовал облик М. М.: «Богословский говорил басом, имел вид степенного и положительного человека, ступал твердо, его телодвижения были медленны, но вески. На первый взгляд его можно было принять за человека тяжелого во всех отношениях. Но достаточно было сойтись с ним поближе… как вы с удовольствием находили в нем человека изящного и острого ума, ярко выраженной талантливости. К либеральным идеям он относился с немалым скептицизмом и был упорен в отстаивании своих мнений». 1910-е годы – расцвет научной и педагогической деятельности ученого. Он много пишет об эпохе Петра I, чья биография стала делом жизни историка. М. М. считал себя продолжателем М. П. Погодина, желавшего описать жизнь Петра I день за днем. Работа над «Петридой» (так называл он свой труд) его очень увлекала. Он с головой погружался в Петровскую эпоху. «До пяти часов за работой над страницами о Кожуховском походе. Радостное чувство, что можно заняться своим делом. <…> Утром я опять осаждал Азов, следил за осадой день за днем и как бы переживал ее», – писал он в дневнике. После Октябрьской революции вынужден был пойти на сотрудничество с новой властью. Служение науке для
