Оставлен на кафедре всеобщей истории для приготовления к профессорскому званию. Активно занимался в семинарах Гревса (изучение средневекового города), с которым Н. П. связала теснейшая личная дружба на тридцать с лишним лет.
В 1914 году Анциферов женился на Татьяне Николаевне Обручевой (1890–1929) – своей знакомой еще по Киеву. После университета преподает в гимназиях, детально разрабатывает свой знаменитый экскурсионный метод. Кроме экскурсий по Петрограду, он возил учеников в Москву, Новгород и Псков.
Участвует в работе общества «Старый Петербург». 1920-е годы – взлет краеведения в стране и пик активной жизни Н. П. С 1921 года по инициативе И. М. Гревса открыт Петроградский научно-исследовательский экскурсионный институт. Это – главное место работы историка. Летом блестяще организует экскурсионную работу в Царском Селе. После ликвидации экскурсионного института с 1924 года – сотрудник Петроградского отделения Центрального бюро краеведения (ЦБК), много ездит по России с лекциями. Научные труды краеведа тесно связаны с его просветительской работой. За 1920-е годы он опубликовал 15 брошюр и книг, 29 статей по экскурсионному делу, краеведению и градоведению. Петербург – главный герой его работ. Город им рассмотрен как «целостный культурно-исторический организм», а не механический набор памятников.
Его главная книга «Душа Петербурга» издана в 1922 году. Работа над ней начата осенью 1919 года, в разгар войны и голода, после гибели двух детей автора. Это – итог градоведческих изысканий историка в семинарах Гревса и экскурсионном институте. Н. П., единственный из современников, пытался постичь город как синтез материально-духовных ценностей. Это глубокое прозрение. В форме историко-культурных экскурсий написаны его небольшие книги – «Петербург Достоевского», «Быль и миф Петербурга». С 1924 года он живет с семьей в Детском Селе (в 1920, 1924 годах у него родились сын и дочь), проводит там экскурсии и издает книги «Детское Село» (1927), «Окрестности Ленинграда. Путеводитель» (1927). С конца 1920-х годов. советская власть начинает ограничивать и притеснять деятельность краеведческих организаций.
Весной 1929 года Анциферов арестован ГПУ по делу религиозного кружка «Воскресение» и отправлен на три года в Соловки. В этом году скончалась от туберкулеза его жена. В 1930 году Анциферова «подключили» к «Академическому делу», привезли в Ленинград на повторное следствие и дали еще два года лагерей (Беломоро-Балтийский канал). В 1933 году был освобожден и уехал работать в Москву, опасаясь нового ареста. Дети его живут с сестрой жены. В 1934–1935 годах – сотрудник водного отдела Музея коммунального хозяйства, с 1936 года – Литературного музея. Повторно женился. В 1937 году арестован и получил восемь лет лагерей. Благодаря хлопотам друзей и первой «бериевской амнистии» дело в 1939 году пересмотрено и Н. П. освобожден. Вновь работает в Литературном музее благодаря В. Д. Бонч-Бруевичу (1940–1956). Организует выставки русских писателей XIX века, выпускает 8 книг и около 40 статей. В 1944 году защитил кандидатскую диссертацию в ИМЛИ «Проблемы урбанизма
