Джефферсон владел портретами Бэкона, Ньютона и Локка, «троицы величайших людей». Мэдисон и Адамс ссылались на ньютоновские законы в своих аргументах в пользу баланса властей в Конституции. Однако попытки представить раннюю республику как приложение науки оставались в основном риторическими, основатели не предусмотрели никакой национальной поддержки исследований, сохранив науку как преимущественно местное дело.
В «Записках о штате Вирджиния» Джефферсон писал как метеоролог, геодезист и натуралист: он был увлечен материалистической философией, поместив пять изданий «О природе вещей» Лукреция рядом с космологическими поэмами Эразма Дарвина «Храм природы» и «Ботанический сад». Особое внимание он уделял уходу за растениями. «Ботанику я причисляю к самым ценным наукам, – говорил он, – поскольку она вносит вклад в средства к существованию, украшения, парфюм и лекарства, а для деревенской семьи она составляет большую часть общественного удовольствия». Будучи президентом, он организовал покупку территории Луизианы у Франции в 1803 году и отправил Мериуэзера Льюиса и Уильяма Кларка исследовать континент до побережья Тихого океана, будучи убежденным в дальнейшем распространении поселения. Льюис и Кларк получили краткий курс картографии и естественной истории, включая инструкции по поиску свидетельств существования крупных животных, вымерших или живых, чтобы доказать, вопреки французскому натуралисту Бюффону, что природа Америки была обширной и динамичной, а не «сморщенной и уменьшенной».
«Записки» Джефферсона печально известны тем, что провозглашают природные различия между расами и представляют африканцев неполноценными по сравнению с европейцами. Бенджамин Баннекер, чернокожий астроном и геодезист, который помог построить округ Колумбия, призвал Джефферсона и других «отучить себя от этих узких предрассудков». Хотя Джефферсон осуждал рабство как «отвратительное пятно», его действия оставались неторопливыми: вместо отмены рабства он предпочитал схемы «колонизации» для переселения чернокожих в Африку.
Понимание ботаники, интерес к использованию науки с целью завоевания континента и нежелание распространять «всеобщие» права на тех, кто не входил в круг мужчин европейского происхождения, сделали Джефферсона довольно типичным примером раннего американского ученого. Строго говоря, энтузиасты не считались «любителями», поскольку «профессионалов» почти не было и сравнивать знания было не с кем. Джефферсон связывал науку с местными практическими проблемами (он спроектировал купол и колонны своего дома в Монтиселло, заполнив его книгами и механическими изобретениями), завоеванием западных земель и коренных народов, а также с международными сетями. Он часто переписывался с европейскими экспертами, хотя утверждал, что предпочитает один вечер с Дэвидом Риттенхаусом, чем неделю вечеринок в Париже.
Джеймс Мэдисон сменил Джефферсона на посту президента в 1809 году, в год
