журнале книга первоначально рассматривалась как анонимное произведение Канта. Такая быстрая известность привела к тому, что в 1793 году в Цюрихе, куда он вернулся, чтобы жениться, Фихте был назначен профессором философии в Йене вместо Рейнгольда, уехавшего в Киль. Здесь он сразу же начал читать лекции по учению о науке, компендиум которого он передавал своим студентам в листах по мере его прочтения. По воскресеньям он читал студентам популярные трактаты в виде заученных проповедей о цели ученого. В 1796 году была опубликована книга «Естественное право», в 1798 году – «Система естественного права» (System der Sittenlehre nach Principien der Wissenschaltelehre). С 1795 года он вместе с Нитхаммером издавал философский журнал, который решил судьбу его жизни. Эссе об определении понятия религии, которое Фихте предварил введением о причине нашей веры в божественное мировое правительство, было одобрено ректором Форбергом в Заальфельде в 1798 году к публикации в журнале с дерзким переложением идеи божества на понятие морального миропорядка. После этого, по доносу одного из коллег Фихте министру курфюрста Саксонии Фридриха Августа, журнал был запрещен в курфюршестве Саксония, издание конфисковано, а герцогам Эрнестинам, совместным благотворителям Йенского университета, было предложено призвать авторов к ответу и наказать их за атеизм. Гердер, как вице-президент консистории в Веймаре, встал на сторону Фихте, в то время как веймарское правительство, опираясь на успокаивающее влияние Гёте, проявляло сдержанность. Фихте нетерпеливо обратился к публике с защитным памфлетом и сгорел от негодования. Якоби и другие философские оппоненты смирились, поскольку дело дошло до такой жестокости, и вся Германия приняла участие в споре. Концом для Фихте стала потеря профессорского звания в Йене. Подозрительный в религиозном и политическом отношении (его вклад в исправление суждений о Французской революции также еще помнили), Фихте в тот момент находился в состоянии сильной заброшенности: принц Рудольштадтский отказал ему в защите, которую он искал, а его первый приезд в Берлин в 1799 году также произвел обескураживающий эффект. Однако его друзья, Фридрих Шлегель и Шлейермахер, помогли ему добиться уважительного приема, и с тех пор он мог активно выступать с популярными лекциями об эпохе, а также публиковать труды в прежнем ключе. Среди прочего, были опубликованы его «Закрытое торговое государство» (предтеча теории защитных тарифов Листа), лекции о судьбе ученого, а также его вклад в характеристику эпохи.
Рекомендованный Беймом и Альтенштейном государственному канцлеру Харденбергу, последний в 1805 году предоставил ему полную профессуру философии в Эрлангене, который в то время еще был Пруссией, с разрешением провести зиму в Берлине, чтобы продолжить свои прежние популярные трактаты. В Эрлангене он читал профессорам лекции о науке. Следующей зимой он выступил в Берлине с трактатами религиозного содержания, которые появились в печати в 1806 году под названием «Anweisung zum seligen Leben». Катастрофа