Словакии, которая за день до вторжения объявила о своей независимости, официально было заявлено, что словацкий премьер Тисо обратился к Гитлеру с телеграммой, в которой просил его взять Словакию под свою защиту. Гитлер ответил, что он принимает под защиту словацкое государство.
Сепаратистские планы отделения в Словакии, поддержанные Германией, возникли задолго до начала вторжения. А в конце февраля чехословацкое правительство получило сведения о том, что группа словацких фашистов во главе с их лидерами Александром Маха и Войтехом Тука готовит путч с целью присоединения Словакии к Германии. Путчисты намеревались добиться разрыва переговоров с центральным правительством и выделения Словакии из состава республики.
Упреждающим вводом регулярных войск и жандармерии путч удалось подавить. Но давление Берлина на Прагу и начавшаяся оккупация Чехии позволила словацким сепаратистам реализовать свои планы, в результате чего Словакия провозгласила независимость и отделилась от Чехии, формально став суверенным государством, но фактически превратилась в вассала Германии. Сразу же после этого события по всей Словакии прокатились еврейские и чешские погромы.
23 марта в Берлине был подписан словацко-германский договор «Об охране Словакии», который по существу означал конец её самостоятельности. На основании этого договора Германия получила право строить на территории Словакии свои военные базы, контролировать внешнюю и внутреннюю политику. В экономическом отношении страна быстро превратилась в аграрно-сырьевой придаток Германии.
В первый же день захвата Праги в бывшей столице Чехословацкой республики начали действовать германская полиция и гестапо. За несколько дней было арестовано около 7 000 человек. Рейхсфюрер СС Гимлер заявил, что надо произвести 10 000 арестов.
В основном, в тюрьмы попали антифашисты и сторонники экс-президента Бенеша. В их числе бывший начальник отдела печати министерства иностранных дел Гаек и председатель Общества друзей СССР доктор Врбенский. Параллельно гестапо выпустила на свободу всех арестованных за последние месяцы членов фашистских организаций.
С момента оккупации началась обычная для попавших под юрисдикцию Германии государств бюрократическая чистка. Из государственных учреждений, банков и администраций предприятий были изгнаны «евреи и марксисты». Адвокатская гильдия Праги вынесла решение о лишении всех евреев-адвокатов практики.
18 марта был опубликован текст декларации об управлении Чехией и Моравией, подписанный Гитлером, Согласно этой декларации, немцы, проживающие на территории «протектората Чехия и Моравия», становились германскими гражданами. Остальные жители оставались гражданами «протектората». На немцев распространялись фашистские законы «об охране германской расы». Для них же создавались специальные суды.
В тот же день Гитлер назначил бывшего германского министра иностранных дел и председателя
