Москве забастовка удалась лучше и в районе Пресни перешла 10 декабря в вооруженное восстание. Восставшие продержались десять дней, но, когда в дело вступили прибывшие из Петербурга солдаты гвардейского Семеновского полка, очаги сопротивления быстро были подавлены. В конце декабря и в январе 1906 г. посланные правительством войска подавили вооруженные восстания на национальных окраинах Империи и в Сибири. Внешний порядок был восстановлен, хотя отдельные террористические вылазки продолжались. Подавлением мятежей эффективно руководил министр внутренних дел Пётр Николаевич Дурново (1845–1915), которого Витте назначил в октябре 1905 г.
Подавление революционных эксцессов, расстрелы и казни восставших оттолкнули от Витте радикалов, его неуступчивость в переговорах с либералами делала премьера врагом и в их глазах, а правые, сторонники абсолютной монархии, ненавидели «красного премьера» с самого октября. Не верил ему и Царь. Ему шептали, что амбициозный и «гениальный» Председатель Совета министров мечтает покончить с монархией, стать первым российским президентом и надеется с помощью избранной народом Государственной Думы достичь своей цели. 25 января Николай II писал матери: «Что касается Витте, то после московских событий он радикально изменил свои взгляды; сейчас он хочет вешать и расстреливать всех. Я никогда не видел большего хамелеона. Таковы, естественно, причины, почему ему более никто не верит. Он окончательно потопил себя в глазах всех».
Постепенно Император перестал скрывать, что тяготится чрезмерными, как ему теперь казалось, полномочиями премьера. 31 января 1906 г. на одном из докладов Витте царь сделал характерную пометку: «По моему мнению, роль Председателя Совета министров должна ограничиваться объединением деятельности министров, а вся исполнительная работа должна оставаться на обязанности подлежащих министров». 16 февраля 1906 г. Николай II, принимая депутацию монархистов, после дежурных слов о «неизменности провозглашенных реформ», сказал главное, что от него хотели услышать собравшиеся: «Самодержавие же мое остается таковым, как оно было встарь». Позднее сам Витте написал в своих «Воспоминаниях»: «Первое время после 17 октября Его Величество меня слушал, затем, по мере того, как смута начала успокаиваться и страх перед внезапной революцией начал проходить, Государь начал избегать меня слушать, хитрить, принимать различные действия помимо меня и даже в секрете от меня». Оригинальность же самого Витте, по воспоминаниям друзей «была в том, что он совсем не хитрил».
Неблагоприятный для властей исход выборов в I Государственную Думу окончательно решил судьбу Витте. При Дворе полагали, что в союзе с левым составом Думы революционный премьер мог легко покончить с царским самодержавием, а то и с монархией как таковой. Чтобы ограничить возможности народного представительства, было решено, во-первых, заблаговременно составить и издать «Основные государственные законы», неподвластные компетенции Думы, во-вторых,
