Генштаба РККА, став членом Ставки. Борис Михайлович Шапошников возглавлял Генеральный штаб Красной Армии в самый тяжелый период Великой Отечественной войны, с 29 июля 1941 г. по 11 мая 1942 г. Генштаб под его руководством становится центром оперативно-стратегического планирования, подлинным организатором военных действий армии и флота. Важнейшие вопросы стратегического планирования теперь предварительно обсуждаются в Ставке в узком кругу лиц – Сталин, Шапошников, Жуков, Василевский, адмирал Кузнецов.
Основная тяжесть руководства Генштабом лежала на плечах Бориса Михайловича Шапошникова. Несмотря на тяжелую болезнь, он успевал выполнять всю необходимую работу в Генштабе и к тому же не малую роль играл в Ставке. Сердце сжималось всякий раз, когда мы видели своего начальника: он непривычно сутулился, покашливал, но никогда не жаловался. А его умение сохранять выдержку, обходительность просто поражали.
Шапошников участвовал в разработке предложений Генштаба по осуществлению Смоленского оборонительного сражения (10 июля – 10 сентября 1941 г.), контрнаступления под Москвой (декабрь 1941 – январь 1942 г.), общего наступления Красной Армии (январь – апрель 1942 г.). Им же был предложен план стратегической обороны советских войск на весну – лето 1942 г., в который, к сожалению, были внесены изменения, касающиеся ряда наступательных операций, окончившихся неудачно. При непосредственном руководстве Шапошникова летом – осенью 1941 г. было оперативно осуществлено подтягивание резервов из глубины страны, уточнение боевого состава войск действующей армии после жестоких ударов врага.
Маршал А. М. Василевский впоследствии констатировал: «Личный авторитет Шапошникова, безусловно, благотворно сказывался на процессе превращения Генерального штаба в надежный рабочий орган Ставки Верховного Главнокомандования. По мере того, как разворачивались события, Сталин все больше стал придерживаться правила – принимать всякое ответственное решение по военному вопросу лишь после предварительного доклада начальника Генштаба». Достаточно сказать, что Шапошников был единственным человеком из окружения Сталина, к кому он всегда обращался по имени-отчеству.
Действительно, Шапошников Б. М. пользовался большим уважением И. Сталина. А. М. Василевский замечал, что только ему одному Верховный разрешал курить в своем рабочем кабинете, а в разговоре с ним никогда не повышал голоса. «Но это чисто внешняя сторона их отношений. Главное же заключается в том, что предложения Шапошникова, всегда глубоко продуманные и глубоко аргументированные, как правило, не встречали особых возражений».
В мае 1942 г. Шапошников, который был болен туберкулезом, попросил об освобождении по состоянию здоровья с поста начальника Генштаба. Просьба была удовлетворена. Но впоследствии Сталин нередко звонил маршалу, приглашал в Ставку и на заседания ГКО, используя его огромные знания и опыт. С мая 1942 по июнь 1943 г.
