suostumaan siihen, että yliopiston keskusteluissa siitä lähtien annettaisiin kolme ääntä heidän maanmiehillensä ja ainoastaan yksi ääni Saksalaisille ja muille vieraille kansallisuuksille. Kuningas Venceslaon, joka muuten oli julma ja vallan kelvoton mies, olivat Saksalaiset eroittaneet hänen keisarins-arvostaan, jonkatähden hän vihasi sekä Saksalaisia että pispoja ja pappejakin. Ilman suuria vaikeuksia suostui hän siis vuonna 1409 Tsjekiläisten vaatimuksiin ja antoi heille kysymyksessä olevat kolme ääntä, mutta vieraat kansallisuudet saivat tyytyä yhteen ääneen. Tästä syntyi kova jupakka, jonka loppupäätös oli se, että keväällä samana vuonna saksalaiset maisterit ja ylioppilaat tuhansittain, aluksi jalkaisin, sittemmin ratsain ja ajaen, jättivät Prag'in yliopiston ja lähtivät Leipzig'in kaupunkiin Saksin maassa, jossa perustivat uuden, saksalaisen yliopiston. Tämä omituinen vaellus on tapaus, jonka vertaista turhaan etsii yliopistojen historiassa.
Prag'issa valittiin Hus uudestaan muodostetun ja tsjekiläiselle kannalle asetetun yliopiston rehtoriksi, mutta hänen asemansa tuli hyvin tukalaksi. Tästä lähtein oli näet Saksalaisten viha häntä vastaan sammumaton. Joukko Prag'in porvareja oli myöskin häneen suuttunut, häntä kuin pitivät levottomuuksien alkuunpanijana ja ulosvaelluksen syynä. "Kuinka monta kultakolikkoa sentään nuo vieraat ylioppilaat jättivät Prag'iin!" Näin valitteli moni poroporvari, joka vaan ajatteli omaa voittoansa. Myöskin saarnamiehenä Betlehemin-kirkossa oli hän saanut monta vihamiestä. Saarnoissansa hän nuhtelikin ankarasti kerjäläismunkkeja ja papistoa, "noita Herran lihavia messunlukijoita, noita Baalin pappeja, jotka uinailevat päiväkaudet ja julkisesti kaupittelevat armoa niinkuin jotakin porttoa", sekä rahanhimoansa, irstaisuuttansa, tanssejansa ja peliänsä. Että hän vihasi latinankieltä, jolla jumalanpalvelusta enimmiten pidettiin sekä työskenteli vanhan slavilaisen raamatun-käännöksen parantamisessa ja korjaamisessa, kiihoitti sen lisäksi vielä monta. Jo vuonna 1229 oli näet paavinkirkko kieltänyt maallikoita raamattua lukemasta. Itse arkkipispakin nousi nyt hänen vastustajaksensa. Hän otti korviinsa ne kanteet, joita munkit ja papisto olivat Hus'ia vastaan tehneet ja jotka sisälsivät, että maisteri kiihoitti kansaa, että hän saarnasi kirkon ja papiston halveksimista, että hän kutsui Roomaa Antikristuksen asunnoksi, että hän oli julistanut joka papin, joka otti maksua sakramenttien jakelemisesta, väärä-oppiseksi, että hän julkisesti oli ylistänyt Wiklefiä ja toivonut, että hänen omakin sielunsa kerran tulisi sinne, missä Wiklefin sielu oli. Nämä kanteet lähetti arkkipispa paaville, joka jälleen antoi arkkipispan tehtäväksi, hävittää hiippakunnastaan kaiken väärä-uskoisuuden ja kaikki harha-opit, pannaan panemisen uhalla kieltää Wiklefin kirjat sekä kieltää kaiken saarnaamisen, paitsi pitäjään- ja luostarikirkoissa, siis myöskin Betlehemin-kirkossa, tuossa "saatanan-koulussa", joksi paavilaiset sitä nimittivät. Kuin tämä paavin käskykirje 9 p: nä Maaliskuuta 1410 julistettiin Prag'issa, herätti se yleistä hämmästystä. Väitettiin, että tämä käskykirje oli ostettu tai houkuteltu paavilta. Betlehemin-kirkkoon kokoontunut seurakunta, jolle Hus julisti käskykirjeen, osoitti suurinta mielikarvautta. "Ne valehtelevat – sanottiin – jotka näin meitä vastaan todistavat". Mutta arkkipispa ei tästä huolinut, kulki vaan kulkemistaan kerran valitsemaa uraansa, jonka Paavikin oli hyväksynyt. Eräänä päivänä Heinäkuussa samana vuonna soivat Prag'in kellot ikäänkuin maahan-paniaisissa, papit veisasivat Te Deum laudamus, ("Kiitos olkoon Jumalan") suuri rovio oli sytytetty palamaan, ja kaikki Wiklefin kirjat, joita suinkin oli voitu käsiin saada, luvultaan noin kaksisataa, joista useammat hyvin kalliit ja kauniisti sidotut, heitettiin nyt, yliopiston muistutuksista ja varsinaisesta vastalauseesta vähintäkään lukua pitämättä tuleen palamaan. Kaksi päivää sen jälkeen julisti arkkipispa Hus'in ja hänen ystävänsä pannaan. [Pannaan pantu oli suljettu pois kristittyin ihmisten yhteydestä, hän ei koskaan saanut mennä kirkkoon, ei kukaan saanut antaa hänelle ruokaa eikä juomaa, ja kuka tahansa sai ilman rangaistuksetta tappaa hänet.] Mutta suuri osa kansaa oli tästä hyvin vihoissaan. Arkkipispasta tehtiin ja laulettiin pilkkalauluja, häntä sanottiin aapislaiseksi, joka poltti kirjoja, tietämättä edes mitä niissä seisoi. Sytttyipä vielä verisiä tappeluitakin Hus'in puolustajien ja hänen vastustajiensa välillä. Hus itse vetosi paaviin ja saarnasi rohkeasti: "Jumalan sanaa ei voi sitoa".
Vaikka kuningas Venceslao paheksi arkkipispan tointa, kielsi hän kuitenkin kuoleman uhalla pilkkalaulujen laulamista, mutta tuomitsi toiselta puolen arkkipispan maksamaan poltettujen wiklefiläisten kirjain hinnan näiden omistajille. Kuin ei arkkipispa tähän kauppaan suostunut, pani kuningas hänen saatavansa takavarikkoon. Yhtä vähän kuin kuningas voi hyväksyä Hus'in ja hänen ystäväinsä pannaan panemista, yhtä vähän tahtoi hän tietää mistäkään saarnaamisen kieltämisestä yksityisissä kirkoissa. Vieläpä hän kääntyi paavinkin puoleen, pyytäen häntä peruuttamaan julistettua tuomiota; "jotta – niinkuin hän sanoo – Jumalan sanaa vapaasti julistettaisiin, valtakuntamme kunnia säilytettäisiin ja nuo uskottomat vastustajat, jotka valtakuntaa syyttävät väärästä opista, ansionsa mukaan rangaistaisiin". Varsinkin kuningatar Sofia rupesi rippi-isänsä puolustajaksi. Myöskin moni Böhmin ylimyksistä rukoili hänen puolestaan. Kaikki turhaan. Hus'in vetoomisesta paaviin pidettiin yhtä vähän lukua, kuin näistä esirukouksista. Arkkipispan julistama tuomio päinvastoin vahvistettiin ja Hus haastettiin Bolognaan, pohjois-Italiassa, puolestaan vastaamaan. Mutta Hus'in ystävät varoittivat pätevillä syillä häntä lähtemästä Italiaan ja vaativat asian ratkaisemista Böhmissä. Oikeudenkäynti kesti kuitenkin kauan aikaa. Arkkipispa kyllästyi koko juttuun, hän rupesi etsimään sovintoa Hus'in kanssa ja asetti senvuoksi Heinäkuussa v. 1411 valiokunnan tätä asiaa tutkimaan. Valiokunta, johon kuului kymmenen miestä sekä maallikoita että pappeja, tuli siihen päätökseen, että kuninkaan, yksissä neuvoin arkkipispan kanssa, piti kirjoittaa paaville ja vakuuttaa hänelle, ett'ei mitään väärä-oppisuutta ollut valtakunnassa olemassa ja että, jos jotakin sellaista löytyi, sitä kyllä rangaistaisiin. Hus teki nyt Prag'in yliopistossa seuraavan tunnustuksen: "Minä uskon sydämestäni, että Jesus Kristus on totinen Jumala ja totinen ihminen, että koko hänen lakinsa on niin suuri totuus, ett'ei rahtukaan siinä voi pettää; minä uskon hänen kirkkonsa olevan niin lujasti kalliolle perustetun, ett'eivät helvetin portit millään tavalla voi mitään häntä vastaan, ja olen minä Herrani Jesuksen Kristuksen toivossa valmis ennen kärsimään hirmuisen kuoleman rangaistuksen, kuin ehdon tahdon sanomaan jotakin Kristuksen ja hänen kirkkonsa tahtoa vastaan sotivaa". Hän kielsi koskaan opettaneensa, ett'ei pitänyt kymmenyksiä maksaa, että olisi maalliseen miekkaan tarttuminen hengellistä esivaltaa vastaan ja muuta semmoista, josta häntä oli syytetty. Myöskin vastusti hän sitä että hän olisi ollut syypäänä saksalaisten ulosvaellukseen Prag'ista. Arkkipispa, joka oli suuttunut koko riitaan, tuumasi luopua virastaan ja vetäytyä Unkariin, mutta kuolema hänet jo sitä ennen saavutti 28 p: nä Syyskuuta 1411. Sen kautta riita ei kuitenkaan tauonnut, päinvastoin raivosi se pian uudestaan ja entistä ankaramminkin.
Hänen jälkeläiseksensä tuli näet kuninkaan hovilääkäri Albikus, muuan hyväntahtoinen, vanhanpuolinen mies. Tämän persona semmoisenaan siis ei suinkaan kutsunut Hus'ia uudestaan taistelukentälle, vaan se, mikä tapahtui arkkipispaa virkaansa asetettaissa. Paavin lähettiläs, joka uudelle arkkipispalle toi pispankaavun, julistutti näet samassa paavillisen käskykirjeen, joka kehoitti ristiretkeen Napolin kuningasta, Ladislaota vastaan, koska tämä oli paavin vastustajia; sen ohessa annettiin kaikille niille, jotka ottaisivat osaa tähän ristiretkeen, tahi antoivat siihen rahanapua, lupaus synninpäästöstä. Heikko kuningas suostui käskykirjeen julistamiseen ja torvien soidessa ja rumpujen päristessä luettiin se julki. Kirkkoihin asetettiin nyt säiliöitä synnin-anteen kaupasta karttuvia rahoja vastaanottamaan. Tämä seikka pani Hus'in mielen kovaan kuohuun. Niinkuin Lutherus sata vuotta myöhemmin, tunsi Hus omantuntonsa jo nyt vaativan häntä vastustamaan synnin-anteen kauhistusta. Hän tunnustaa itse, että se oli tämä seikka, joka eroitti hänet entisistä ystävistään. Ja tämän suhteen ei hän tuntenut mitään sääliväisyyttä. Aivan samalla tavoin kuin hänen jälkeensä Lutherus esitti hänkin väitöksiä, joita hän tarjoutui julkisesti puolustamaan 7 p: nä Kesäkuuta vuonna 1412. Rohkeasti kutsui hän paavin synnin-anteen valheeksi ja petokseksi, näyttäen kuinka se soti Raamatun selviä sanoja vastaan. Eihän mikään muu ehto synnin-päästössä voinut pitää paikkaansa kuin se,
