Как только началась стрельба, подняли по тревоге красноармейский отряд Кучникова. Возле школы отряд рассыпался в цепь, но стрельба внезапно прекратилась. Красноармейцы полчаса лежали, вглядываясь в темноту, однако никаких следов врага не заметили. Тогда решили войти в здание. На крыльце встретили комиссара Смольникова, который объявил о побеге великих князей. Версия выглядела довольно странно: Смольников утверждал, что их «белогвардейцы увезли на аэроплане». Если вспомнить, что дело происходило ночью и в черте города, такой вариант побега покажется невероятным. Аэроплан должен был бесшумно сесть неподалеку от школы, в полной темноте (сооружение подобия посадочной полосы с минимальным освещением привлекло бы внимание). После этого нужно было освободить семерых узников, проводить их к аэроплану и взлететь (опять-таки в полной темноте!). Но Смольникова не беспокоило правдоподобие версии. Он громко матерился и говорил, что им всем попадет от Уральского областного совета за то, что не сумели уберечь узников. В Екатеринбург была отправлена срочная телеграмма: «18 июля утром 2 часа банда неизвестных вооруженных людей напала на Напольную школу, где помещались великие князья. Во время перестрелки один бандит убит и видимо есть раненые. Князьям с прислугой удалось бежать в неизвестном направлении. Когда прибыл отряд красноармейцев бандиты бежали по направлению к лесу. Задержать не удалось Розыски продолжаются. Алапаевский Исполком. Абрамов Перминов Останин».
После имитации побега началась имитация расследования и попыток отыскать людей, чьи обезображенные взрывом тела лежали на дне заброшенной шахты. На следующее утро весь город был оклеен объявлениями о побеге узников. Затем эта ложь перекочевала в газеты. 26 июля 1918 года в № 145 газеты с длинным названием «Известия Пермского Губернского Исполнительного Комитета Советов Рабочих, Крестьянских и Армейских депутатов» появилась короткая заметка о побеге князей. В ней сообщалась та же информация, что и в телеграмме. Новым было разве что упоминание жертв «с обеих сторон»…
Настоящее расследование этого преступления началось позже, осенью, когда в Алапаевск вошли части белогвардейцев. Командовал ими полковник Смолин. Прибыв в город, где членов царской семьи в последний раз видели живыми, Смолин распорядился начать следствие, поручив розыск убитых старшему милиционеру Т. Малышикову. Очень скоро тот нашел первых свидетелей, которые рассказали, что в ночь с 17-го на 18 июля видели на дороге, ведущей к Верхне-Синячихинскому заводу, целый «поезд» подвод. Малышиков понял, что тела следует искать в одной из окрестных шахт. 7 октября при исследовании шахты была найдена фуражка, принадлежавшая при жизни одному из князей. 9—11 октября тела всех погибших Романовых были подняты на поверхность. Позже их захоронили в склепе Свято-Троицкого собора.
Останки Елизаветы Федоровны со временем были вывезены в Иерусалим и захоронены в Гефсиманском саду. В 1982 году Русская зарубежная церковь канонизировала
