1905 года Гапон выступил с инициативой созыва межпартийной конференции, которая должна была объединить все революционные партии России в деле подготовки и проведения вооружённого восстания. Идея такой конференции принадлежала финскому революционеру Циллиакусу. Циллиакус предлагал деньги на приобретение оружия для предстоящего восстания. Как было установлено позже, деньги Циллиакуса на вооружённое восстание имели японское происхождение. Эта инициатива, по созыву межпартийной конференции исходила и от меньшевиков и фактически конференция стала съездом всех революционных партий, за исключением большевиков. Гапон с энтузиазмом схватился за это дело, и 7 февраля, он обратился с «Открытым письмом к социалистическим партиям России», в котором призывал их объединиться в борьбе с самодержавием. Письмо было отправлено в Международное социалистическое бюро и разослано всем заинтересованным организациям. Чтобы обеспечить представительство революционных партий, Гапон вёл предварительные переговоры с их лидерами. Гапон встречался с представителями меньшевиков, большевиков, Бунда, «Союза освобождения» и различных национальных партий.
В начале февраля Гапон встретился с лидером большевиков Лениным. По воспоминаниям Крупской, накануне встречи, Ильич не зажигал у себя в комнате огня и шагал из угла в угол. Гапон был живым куском нараставшей в России революции, человеком, тесно связанным с рабочими массами, беззаветно верившими ему, и Ильич волновался этой встречей. Встреча состоялась на нейтральной почве, в кафе, и прошла успешно. Ленин с Гапоном подружился и стал занимать у Гапона «деньги на революцию», на дела большевистской партии. Гапон всегда был при деньгах и раздавал их «в долг» пачками, при первой же просьбе. Сам он вёл жизнь аскета. Получаемые деньги всегда тратил на нужды рабочих. Аненнский, общавшийся с Гапоном за границей, писал, «И в Женеве, и в Лондоне Гапон жил скромно, и если тратил иногда лишний рубль, то только на телеграммы, галстуки и разъезды во втором классе». О бедной обстановке, в которой жил Гапон после возвращения в Россию, вспоминал журналист Пильский и многие другие.
Ленин горячо поддержал идею объединения и обещал выступить с ней на ближайшем съезде социал-демократической партии. По итогам встречи Ленин написал статью «О боевом соглашении для восстания», в котором приводил текст письма Гапона и выражал ему поддержку. Выступая на III съезде РСДРП, большевистском, Ленин характеризовал Гапона как «человека безусловно преданного революции, инициативного и умного, хотя, к сожалению, без выдержанного революционного миросозерцания».
Женевская межпартийная конференция состоялась в апреле 1905 года. На неё съехались представители 11 революционных партий России. Большевики в этой конференции не участвовали, у них проходил свой III съезд РСДРП, в Лондоне. Председательствующим на конференции был избран Гапон, секретарём, эсер
