передана в состав 8-го дивизиона 3-й бригады подводных лодок Северо-Тихоокеанской флотилии ТОФ с базированием на Советскую Гавань. А 17 апреля 1942 года подводная лодка еще раз поменяла свое название. Отныне она стала именоваться Щ-139.
Тихоокеанский флот считался в годы Великой Отечественной тыловым, так как не вел боевых действий. Потери он, однако, нес. В 1942 году одна за другой бесследно исчезли во время выходов в море две «малютки». Предположительно, обе попали на наши же оборонительные минные заграждения. Затем новая трагедия. 18 июля 1942 года на стоявшей в Николаевске-на-Амуре Щ-138 прогремел мощный взрыв. Причиной его стала детонация зарядных отделений запасных торпед во 2-м отсеке. Корабль мгновенно затонул, унеся с собой жизни 35 членов экипажа. Пострадала и стоявшая соседним бортом Щ-118. Подозрение, что на субмарине произошла диверсия, усилилось после того, как выяснили, что покончил жизнь самоубийством помощник командира лодки лейтенант П. С. Егоров, находившийся в момент взрыва на берегу. Это дало основание полагать, что именно он совершил диверсию и взорвал подводную лодку. 29 сентября «щуку» подняли с помощью спасательного судна «Тельман», но, принимая во внимание большой объем разрушений, ее не восстанавливали.
31 августа 1943 года во время ночных торпедных стрельб в заливе Америка из-за грубого нарушения командиром Щ-128 правил навигации его лодка нанесла таранный удар в борт Щ-130, которая затонула на глубине 36 метров. Спустя трое суток ее подняло спасательное судно «Находка». Личный состав, за исключением двух погибших при столкновении, чудом остался цел. Корабль отремонтировали и менее чем за полгода ввели в строй.
К началу 1945 года Щ-139 входила в состав 2-го отдельного дивизиона подводных лодок ТОФ и базировалась на Владимиро-Ольгинскую ВМБ. Дивизионом командовал в этот момент не кто-нибудь, а один из самых легендарных подводников Советского Союза, капитан 1-го ранга А. В. Трипольский. Имя Трипольского прогремело на всю страну еще в 1940 году, когда за боевые дела во время советско-финской войны он был удостоен звания Героя Советского Союза. В Великую Отечественную войну опыт Трипольского был использован в полной мере. В 1942 году именно он командовал тяжелейшим переходом отряда тихоокеанских подводных лодок через Тихий и Атлантические океаны на Северный флот. До этого подобных океанских переходов наши подводники еще никогда не осуществляли. Затем на Трипольского была возложена еще одна, не менее ответственная миссия. Он руководил приемкой и переходом из Англии в Полярный переданных нам англичанами подводных лодок типа «В», а после этого успешно командовал дивизионом этих лодок, лично ходя в боевые походы, и топил вражеские корабли.
Весной 1945 года капитан 1-го ранга Трипольский совсем не случайно снова оказывается на Тихоокеанском флоте, в должности командира дивизиона «щук». Другого второго подводника с таким огромным океанским опытом в то время на нашем флоте просто не было. Кому, как ни Трипольскому, выводить наши субмарины
