на встрече членов Российского союза промышленников и предпринимателей с президентом России. Выступавший на встрече Ходорковский сказал, среди прочего, что компания «Северная нефть», которая контролировалась бывшим первым заместителем министра финансов Андреем Вавиловым, была продана компании «Роснефть» по завышенной цене и с нарушением процедуры; в ответ со стороны президента последовали обвинения в адрес ЮКОСа. Кроме того, по утверждению Бориса Немцова, Путин потребовал от Ходорковского прекратить финансирование оппозиционных партий, что тот отказался сделать.
Формальным поводом для начала расследования Генпрокуратуры в отношении ЮКОСа и его владельцев стал запрос депутата Госдумы Владимира Юдина о законности приватизации в 1994 году горно-обогатительного комбината «Апатит» (Мурманская область) коммерческими структурами, контролировавшимися Михаилом Ходорковским и его партнерами по бизнесу.
Через несколько дней было возбуждено уголовное дело о хищениях и уклонении от уплаты налогов структурами, подконтрольными нефтяной компании ЮКОС, от которого впоследствии «отпочковались» десятки уголовных дел в отношении отдельных сотрудников компании.
Первый месяц следствие велось в условиях повышенной секретности, и о расследовании стало известно лишь 2 июля 2003 года, когда был арестован председатель совета директоров Международного финансового объединения «Менатеп» Платон Лебедев.
После ареста Платона Лебедева события развивались стремительно, и сообщения о предъявлении новых обвинений и проведении обысков поступали еженедельно. Расследование дела самого Лебедева было закончено всего за два месяца. Поначалу его обвиняли в хищении 20 % акций ОАО «Апатит», потом добавили еще ряд обвинений.
Через некоторое время последовали обвинения самой компании ЮКОС в уклонении от уплаты налогов через различные схемы оптимизации налогов. Последовали усиленные налоговые проверки за несколько лет. По словам высших менеджеров ЮКОСа, насчитанная сумма недоимок и штрафов превысила выручку компании за эти годы.
Самого Михаила Ходорковского Генпрокуратура поначалу не очень беспокоила – его лишь несколько раз допросили в качестве свидетеля вскоре после ареста Платона Лебедева, а потом надолго оставили в покое. Но уже осенью 2003 года из прокуратуры начали поступать недвусмысленные намеки о существовании серьезных претензий и к Ходорковскому.
Утром 25 октября 2003 самолет Ходорковского, направлявшийся в Иркутск, совершил посадку для дозаправки в аэропорту Новосибирска. Как только самолет остановился, он был блокирован сотрудниками ФСБ. В тот же день Ходорковский был доставлен в Москву, предстал перед судом и помещен в следственный изолятор Матросская Тишина.
Следствие по делу Ходорковского было закончено также в рекордные два месяца. Претензии к нему полностью повторили то, в чем ранее был обвинен Платон Лебедев – хищение чужого имущества, злостное неисполнение
