падения касситской династии независимость Вавилонии восстановила т. н. II династия Иссина, изгнавшая эламитов, а при Навуходоносоре I (1125–1104 гг. до н. э.) нанесшая им такое поражение при Дере, что после этого Элам в течение трех веков не упоминается в месопотамских источниках. Вскоре власть царя существенно ослабела, и он превратился скорее в верховного магистрата при автономной и играющей в стране главную роль гражданско-храмовой общине Вавилона.
В XI-Х вв. до н. э., во время нашествия арамейских племен на Месопотамию, одно из них – халдеи – заселило приморский юг Вавилонии, образовав здесь племенные княжества. Их вожди, признав власть Вавилонии, стали в ней в конце концов одной из главных сил. В 729 г. до н. э. Вавилонию завоевал ассирийский властитель Тиглатпаласар III, но вскоре после его смерти власть в ней захватил халдейский вождь Мардукапалиддин, активно поддержанный и вавилонянами, и Эламом. Начавшаяся после этого война с Ассирией, за время которой та дважды захватывала и теряла Вавилонию, завершилась, в 688 г. до н. э. полным разрушением Вавилона Синаххерибом. Его преемник Асархаддон восстановил город и особое автономное царство с центром в нем. В 652–648 гг. до н. э. вавилоняне вновь восставали против Ассирии. В 626 г. до н. э., со смертью Ашшурбанипала, началось самое крупное и упорное восстание против ассирийцев, возглавленное халдеем Набопаласаром (626–605 гг. до н. э.), основавшим новую вавилонскую династию. Изгнав ассирийцев, Набопаласар перенес войну в Верхнюю Месопотамию, а ассирийцы призвали на помощь египтян, чья армия в 616 г. дон. э. столкнулась с Вавилонией на Среднем Евфрате. Так началась пятидесятилетняя вавилоно-египетская война.
С нападением Мидии на Ассирию и заключением вавилоно-мидийского союза Ассирия была быстро уничтожена (к 609 г. до н. э.), а ее территория поделена союзниками: полоса земель, выводящая на Армянское нагорье, досталась мидянам, полоса, выводящая в Сирию, на «египетский фронт» – Вавилонии. В 605 г. до н. э. царевич Навуходоносор разгромил египетскую армию при Каркемише и вторгся глубоко в Сирию. Став царем (605–562 гг. до н. э.), он вернулся в Восточное Средиземноморье и покорил его. Систематические попытки Иудеи передаться Египту, а египтян – утвердиться в Палестине и Финикии (вновь отложившихся к нему в 590–589 гг. до н. э.) привели к тому, что Навуходоносор, взяв Иерусалим в 597 г. до н. э., спустя 10 лет взял его вторично, разрушил, угнал почти все его население и аннексировал Иудею. В 574 г. дон. э., после 13-летней осады, зависимость от Вавилонии признал и Тир. В 567 г. до н. э. Навуходоносор, воспользовавшись борьбой за власть между Априем и Амасисом в Египте, вторгся туда, разгромил силы Априя и способствовал приходу к власти Амасиса, поддерживавшего дружбу с Вавилонией.
Противоборство с Египтом завершилось.
В то же время Вавилония столкнулась с другой угрозой: в 596 г. до н. э. на нее напал индийский вассал – царь Элама; в ответ Навуходоносор разгромил Элам и захватил Сузиану, причем, судя по Ветхому Завету, погиб мидийский царевич Артахшатра
