с распоряжением найти достаточно глубокий для линейных кораблей проход в гавань города, где они были бы в безопасности от возможного нападения англичан. Армия тем временем двинулась на Каир. 21 июля французские войска встретились с собранной предводителями мамелюков Мурад-беем и Ибрагим-беем войском, произошла Битва у пирамид. Благодаря огромному преимуществу в тактике и военной подготовке, французы с незначительными потерями наголову разгромили войска мамелюков. Организованное сопротивление французским войскам в Нижнем Египте было сломлено, Ибрагим-бей и Мурад-бей были вынуждены покинуть Каир и скрываться.
После захвата Каира Наполеон отправил одну дивизию под руководством генерала Даву на завоевание Верхнего Египта, а сам тем временем начал активные и много в чём успешные мероприятия по подчинению себе страны и привлечению симпатий влиятельных слоев местного населения.
Когда Нельсон разбил французский флот при Абукире 1 августа 1798 года, Египет уже попал под французский протекторат.
Англичане и турки (номинальные правители Египта) не могли вытеснить французов, но и те оказались в ловушке – в изоляции, без связи с Францией, без резервов.
Бонапарт пытался найти взаимопонимание с исламским духовенством, но, тем не менее, против французов в Каире вспыхнуло восстание.
В отчаянье Наполеон начал поход в Сирию в феврале 1799 года. Он взял штурмом Яффу, но не смог овладеть Аккрой. 20 мая 1799 года началось отступление. Наполеон все ещё был в состоянии нанести поражение туркам, которые расположились около Абукира (25 июля), но понимал, что оказался в ловушке.
Во Франции Директория находилась на грани банкротства и поражения в войне против коалиции Австрии, Турции и России. Получив известия о волнениях в стране и о внешних угрозах, Наполеон 23 августа оставил армию генералу Клеберу и отплыл во Францию. Ему удалось избежать встречи с британским флотом, который крейсировал в Средиземном море и 9 октября 1799 года Наполеон спокойно высадился в Фрежюсе на юге Франции.
Попытка Франции захватить Египет при полном доминировании флота Британии на Средиземном море была обречена. Только благодаря высоким боевым качествам французской армии и офицерского корпуса во главе с Наполеоном экспедиция на протяжении нескольких лет была относительно успешной.
Однако отрезанность от Франции, борьба местного населения, которое воспринимало французов как захватчиков, поставили французский корпус в безвыходное положение. После уничтожения англичанами французского флота в битве при Абукире капитуляция французского корпуса, которым к тому времени уже командовал генерал Мену, в Египте была лишь вопросом времени. Но, тем не менее, Египет оставался под властью французов вплоть до 1802 года, когда по условиям Амьенского
