ключарь грек Патрикий спрятал лучшие драгоценности храма. Татары пытали ключаря, его жгли, забивать спицы под ногти, сдирать кожу. Наконец, прорезав ему ноги, и продев сквозь них веревку, татары привязали его к конскому хвосту и умертвили. Несмотря на пытки, он не выдал, где находятся драгоценности, которые не обнаружены и до сих пор.
Собор стал беднеть, восстановить его было уже некому. В начале XVII в., по свидетельству соборной рукописи, храм пришел в такое запустение, что под его сводами вили гнезда птицы.
Новый период благополучия собора связан с прославлением почивающих в нем угодников Божиих. В 1645 г. были обретены нетленные мощи св. блгв. кн. Георгия. Их переложили в серебряную раку, устроенную иждивением Патриарха Иосифа. В 1702 г. были обретены нетленные мощи свв. блгв. кнн. Андрея Боголюбского и его сына Глеба.
В 1708 г. царский стольник Григорий Племянников, в благодарность за исцеление от неизлечимой болезни по молитвам перед Владимирской иконой Божией Матери, обновил и украсил собор. Вместо древнего Благовещенского придела, он устроил придел Знамения Пресвятой Богородицы. Впоследствии, в собор был приложен большой серебряный ковш, пожалованный когда-то Племянникову царем Михаилом Федоровичем.
В 1744 го., когда во Владимире была вновь открыта епископская кафедра, Успенский собор снова стал кафедральным.
В 1767 го. по пути из Казани, Успенский собор посетила императрица Екатерина II. Заметив бедность храма, она повелела отпустить из казны 14 000 рублей на его украшение и облачения священнослужителей.
Обновление собора происходило при епископе Имение (Рабфаковском). К сожалению, многие древности были утрачены. Новый иконостас и иконы в нем были выполнены в итальянском стиле, оклады и венцы с ветхих образов были переплавлены на создание новых элементов утвари. Собор был освящен 25 мая 1774 го., при этом южный придел МЧС. Георгия был преосвящен в честь св. благ. князя Глеба, северный Знамений придел – в честь св.
Андрея Богословского, теплый придел св. Пантелеймона – в честь благ. князя Георгия[3], а придел МЧС. Атипия на хорах был упразднен.
Новая эпоха собора связана с именем Высокопреосвященнейшего Феогноста (впоследствии митрополита Киевского). При нем собор был восстановлен если и не в прежнем блеске, то в таком виде, каким он был при князьях Андрее Боголюбском и Всеволоде. В 1880–1881 г. была реставрирована ветхая роспись соборного алтаря.
Затем, в древней манере было расписано все внутреннее пространство собора. Характер живописи определился остатками древней росписи, которые обнаружили под штукатуркой, за иконами и иконостасом, восходящими по своему характеру к XII в. Работы были поручены иконописцу с. Палех Н.М. Сафонову. Его эскизы одобрила археологическая комиссия. В первоначальный вид были приведены все древние гробницы собора. Были перестроены пять луковичных глав, принадлежавших позднейшему московскому времени. Им вернули прежнюю древнюю форму.
Иконостас этого храма был самый бедный. В нем находился древний образ св. князя Георгия Всеволодовича, снятый с его гробницы. Кем и когда был устроен этот придел – неизвестно. В 1860-х гг. он был упразднен при строительстве крытой галереи, соединившей собор с колокольней. В новой галереи был устроен новый теплый придел св. Георгия. Там же устроен придел св. Архистратига Михаила
