1889 г. по распоряжению Св. Синода, церковь была полностью передана в ведомство семинарии, а настоятелем ее отныне становился ректор семинарии.
Несмотря на то, что церковь была приходской и семинарской, в народе и в XIX в. ее продолжали называть «Богородицкий монастырь».
Владимирскую семинарию окончило немало выдающихся людей. Были среди выпускников и те, кому предстояло пострадать Христа ради: священномученик Никита Делекторский, священномученик Николай Красовский, священномученик Николай Поспелов, священномученик Емилиан Гончаров, священномученик Василий Покровский, священномученик Федор Дорофеев, священномученик Александр Поспелов.
В настоящее время Владимирская духовная семинария находится в братских корпусах Богородице-Рождественского монастыря. Церковь Успения Божией Матери передана старообрядцам.
Князе-Владмирская церковь на городском кладбище. До конца XVIII в. при каждой Владимирской церкви было свое кладбище. В 1770-х гг., когда Владимир посетила моровая язва, возникла необходимость обустройства кладбища за пределами города.
В 1785 г. была выделена земля, принадлежавшая Богородицкой церкви, на средства обывателей построена каменная церковь с колокольней. В 1891 г. она получила новый иконостас и отопление. Главный престол был освящен в честь св. равноап. князя Владимира, приделы – прав. Симеона Богоприимца и Анны Пророчицы, и св. мч. Адриана и Наталии.
В годы безбожия, кладбищенская Князь-Владимирская церковь по сути заменила владимирцам Успенский собор, став духовным центром города.
В настоящее время церковь действующая.
За Князь-Владимирским кладбищем, Большая Нижегородская улица ведет через речку Рпень к Красному селу. В этих местах, на холме стоял Федоровский мужской монастырь. Он был основан Иваном Грозным в XVI в. В 1657 г. упоминается его игумен Иустин. В 1692 г. монастырь был приписан к Владимирскому Рождественскому монастырю. В 1715 г. имел строителя и девятнадцать монахов. В 1764 г. монастырь был упразднен, от него остались только белые надгробные камни и колодец с часовней.
Церковь свв. Константина и Елены в районе Доброе. Церковь свв. Константина и Елены принадлежала древнему мужскому монастырю основание которого относят к XIII в. В 1276 г. игумен монастыря Федор был хиротонисан в епископа Владимирского. В 1362 г. монастырь был возобновлен владимирским епископом Алексеем, будущим св. митрополитом Московским, возвращавшимся из Орды.
В 1478 г. упоминается Никольская церковь в с. Добром, возникшем как монастырская слободка, и вероятно современном монастырю. В том же году упоминается и с. Константиновское.
Судьба обители в XVI в. неизвестна. Во время Литовского разорения монастырь был разграблен. Около села осталось несколько курганов, под которыми, по преданию, похоронены литовские люди. Следующее упоминание о монастыре встречается в 1628 г. В 1694 г. при монастырской церкви существовал самостоятельный причт: священник Петр
