училище и приют для девиц духовного звания. Содержалось оно на церковные средства, выделяемые, в основном, Митрофановым монастырем.
В 1918 г. безбожниками был зверски замучен архимандрит Благовещенского монастыря Дмитрий. В декабре того же года, на его место был назначен архимандрит монастыря Александр (Кременецкий). При нем, 3 февраля 1919 г. большевиками было проведено кощунственное вскрытие мощей свт. Митрофана. После вскрытия мощи были оставлены в монастыре. В дни Гражданской войны, новые власти стали приспосабливать помещения Благовещенского монастыря для создания концентрационного лагеря.
9 января 1920 г., на третий день Рождества Христова, когда во время богослужения, безбожники ворвались в храм и повесили на царских вратах архиепископа Тихона IV (Никанорова). Отпевание владыки совершил его приемник епископ Владимир (Шимкович). Архиепископ Тихон (Никаноров) причислен Русской Православной Церковью к лику священномучеников.
Мученическую смерть за веру претерпели иеромонахи Благовещенского монастыря Спиридон, Пимен, Федорит, Серафим и преподаватель Воронежской семинарии иеромонах Нектарий (Иванов). Единственной их виной было совершение череды служения в то время, когда Воронеж был под властью белых. Иеромонаху Нектарию представители новой власти переломали руки и ноги, забивали под ногти деревянные гвозди и «причащали» оловом. В ночь перед своим отступлением, красноармейцы расстреляли монахов в саду у каменного моста и сбросили в общую могилу. Их тела были обнаружены офицерами Добровольческой армии, перенесены для отпевания в часовню Митрофаньевского монастыря, а потом захоронены за Митрофаньевским собором у монастырской стены.
Как только красные вновь взяли Воронеж, в Благовещенском монастыре был восстановлен Митрофановский концлагерь принудительных работ, просуществовавший до 1923 г. В нем находились люди, приговоренные к десяти, пятнадцати и двадцати годам заключения, были и пожизненно осужденные. В этом лагере находился музыкант Леопольд Ростропович, отец всемирно известного Мстислава Ростроповича, арестованный за объявление в белогвардейской газете о его концерте. В то время Благовещенский и Архангельский соборы еще продолжали оставаться действующими. В монастырских постройках по-прежнему проживали некоторые иноки. Здесь же находилась резиденция главы Воронежской епархии.
К концу 1922 г. были закрыты Архангельская, крестовая и трапезная церкви монастыря. При Благовещенском соборе была учреждена кафедра обновленческого митрополита Корнилия (Попова). Тем временем настоящий предстоятель Воронежской епархии служил в Акатовом монастыре.
В августе 1929 г., когда на поклонение мощам свт. Митрофана пришло большое число паломников-крестьян со всей губернии, власти стали требовать изъятия святых мощей и полной ликвидации монастыря. В первую неделю января 1930 г. мощи свт. Митрофана были изъяты и переданы в музей. Мероприятия по изъятию св. мощей переросли в стихийный митинг, потребовавший снятия
