Но когда нацисты стали преследовать евреев, он всеми силами боролся против высылки из страны еврейских ученых и без колебаний высказал Гитлеру свое мнение о расовой дискриминации. Фюрер раздраженно побарабанил по оконной раме, затем круто развернулся и вышел, оставив Боша одного в канцлерском кабинете. Бош так и не смог преодолеть свое разочарование, когда по настоянию Гитлера его ближайший сподвижник и коллега доктор Эрнст Шварц был уволен по причине «неарийского» происхождения. Также смело он протестовал против увольнения выдающегося немецко-еврейского ученого химика Артура фон Вайнберга, главы «Казелла компани», которая влилась в «ИГ Фарбен».
Как председатель правления Научного общества имени кайзера Вильгельма, Карл Бош сопротивлялся всем попыткам нацистских политиков проникнуть в эту всемирно известную организацию и изо всех сил пытался сохранить в составе общества еврейских ученых Джеймса Франка, Макса Борна и М. фон Голдшмидта, но, к сожалению, ему это не удалось, так как нацисты настаивали на безусловном исполнении своих приказов.
Бош говорил о своем презрении к Гитлеру задолго до того, как нацисты пришли к власти. В разговорах с друзьями он презрительно называл его «этот шарлатан». Один из советников Гитлера по экономике Вильгельм Карл Кепплер начал собирать компрометирующие материалы против него и Германа Бугера, главы Всеобщей электрической компании (AEO, чтобы вышвырнуть их с постов, когда к власти придут нацисты. Но некий член гестапо, по каким-то причинам благоволивший к Бугеру, однажды вечером явился к нему с папкой, содержащей компромат на него и Боша. Бугер сжег досье в собственном доме. Позже Кепплер тщетно разыскивал эти материалы.
Однажды Бошу, как главе правления Немецкого музея в Мюнхене, нужно было произнести приветственную речь с непременным восхвалением Гитлера. Накануне Бош признался друзьям, что он не в состоянии произнести такую речь. Они посоветовали ему сказаться больным, чтобы вместо него к гостям обратился его заместитель. Бош согласился.
И вдруг на следующее утро он явился в музей – явно в состоянии опьянения. Вопреки уговорам друзей Бош поднялся на кафедру. Но вместо того чтобы превозносить фюрера и его замечательные труды, он произнес речь в защиту свободы и независимости науки от правительства. Он лишь мимоходом упомянул Гитлера, и то в пренебрежительном тоне. В знак протеста один за другим нацисты демонстративно покинули зал. От ареста его спасло только замеченное всеми сильное опьянение, а, как известно, пьяный не отвечает за свои слова. Но все отлично понимали, что он озвучил свои истинные представления о режиме.
Он уступил нацистам один-единственный раз, согласившись «одолжить» организации Геринга, занимавшейся разработкой четырехлетнего плана, имевшего цель устранить зависимость Германии от иностранной помощи, одного из блестящих специалистов и своего предшественника на посту главы «ИГ Фарбен» доктора Карла Крауха. Подвигло его на это соображение, свойственное в эти
