он в секторе проблем научного творчества (во главе с М.Г. Ярошевским) в ИИЕиТ АН СССР изучал психологические проблемы экспериментального моделирования научно-творческого мышления, сотрудничая с системными методологами (Н.Г. Алексеевым, И.Н. Семеновым, Э.Г. Юдиным). В 1972 г. Я.А. Пономарев защитил докторскую диссертацию «Проблемы психологии творчества».
9. В системно-психологическом этапе (1973–1978 гг.) он в ИП АН СССР выстроил системную концепцию психологии творчества и по заданию Б.Ф. Ломова руководил методологическим семинаром, где обсуждались будущие диссертационные исследования аспирантов и докторантов.
10. В секционный этап (1978–1991 гг.) он, участвуя в ряде НИР ИПАНа, руководил (совместно с Н.Г. Алексеевым, И.Н. Семеновым) Всесоюзной секцией «Психология творчества» в Обществе психологов СССР [1; 58], где обсуждались доклады ведущих специалистов по творчеству и изданы 3 коллективных монорафии. Далее он руководил (с А. Саариненом) советско-финским симпозиумом по психологии творчества и по заданию Б.Ф. Ломова философ-психолог Я.А. Пономарев разработал междисциплинарный Словник «Большой психологической энциклопедии», организовав подготовку для нее ряда статей по основным научным направлениям человекознания.
11. В академический этап (1992–1997 гг.) он продолжил свою научно-профессиональную деятельность: познавательную (с аспирантами: Д.В. Ушаковым, Ч.М. Гаджиевым, Т.В. Галкиной, Л.М. Поповым и др.), секционную (с И.С. Ладенко, И.Н. Семеновым, С.Ю. Степановым) и даже художественную (авторскую). В итоге он избирается почетным академиком РАО.
С учетом анализа и обобщения наследия Я.А. Пономарева всю его научную деятельность по созданию такой новой общепсихологической области, как «психология творчества», можно в целом представить как следующую многоуровневую философско-психологическую систему. Исходный ее социокультурный уровень образуют проведенные в ИИЕиТ Я.А. Пономаревым историко-научные изыскания в области зарождения и развития философско-психологических исследований творчества в российской культуре и науке. Базальный уровень составляют философско-гносеологические основания изучения Я.А. Пономаревым творчества, исходя из онтологии психического. Разработанный им структурно-уровневый подход к изучению взаимодействия теоретической и прикладной областей психологической науки был построен в ИП РАН в виде концепции методологии современной психологии. Над этим методологическим уровнем надстраиваются: теоретический уровень концепции механизмов и закономерностей творчества, эмпирический уровень экспериментального исследования феноменологии творчества, прикладной уровень прагматического использования достижений психологии творчества в социальной практике и институциональный уровень подготовки и развития специалистов по психологии творчества посредством таких институций, как секция «психология творчества» при Обществе психологов и аспирантура ИП АН. В результате разносторонних исследований Я.А. Пономарева проблем психологии творчества его научная деятельность осуществлялась
