августа 1941 года Кубаткина перевели в Ленинград начальником управления НКВД. В блокадном городе он служил всю войну. Только в конце войны комиссар госбезопасности 3‑го ранга Кубаткин был одновременно утвержден уполномоченным наркомата госбезопасности по 2‑му Прибалтийскому фронту.
Петр Кубаткин уверял, что отказывался от предложения возглавить разведку, говорил, что не справится, поэтому министр Абакумов на него рассердился и через три месяца, 7 сентября, снял его с должности. Успел Петр Николаевич за три месяца немного, пожалуй, только перевел в Москву некоторое число своих подчиненных по ленинградскому управлению (среди них был Александр Сахаровский, будущий начальник разведки).
Конечно же, Кубаткин не знал иностранных языков, не был за границей, вообще не имел образования. Но это вряд ли кого-то могло смутить. Так что первоначальная причина его опалы пока что остается невыясненной. Два месяца генерал-лейтенант Кубаткин провел в резерве управления кадров МГБ, а в ноябре того же 1946 года – то есть с понижением – отправился начальником областного управления в Горький. Когда затеялось «ленинградское дело» и по всей стране стали искать выходцев из Ленинграда, занявших высокие посты, Кубаткина в марте 1949 года уволили из органов госбезопасности «за невозможностью дальнейшего использования и с передачей на общевоинский учет». Пока что его утвердили заместителем председателя Саратовского облисполкома.
Но это было лишь начало.
В Ленинград командировали сотрудников центрального аппарата с приказом покопаться в прошлом питерских руководителей.
Преемник Кубаткина в Ленинграде, генерал Дмитрий Гаврилович Родионов, раскопал материалы о том, что второй секретарь Ленинградского горкома Яков Капустин в 1935 году, когда он был помощником начальника цеха на Путиловском заводе, стажировался в Англии на заводах «Метрополитен-Виккер». У Капустина как будто бы сложились близкие отношения с англичанкой, которая учила его языку и предлагала остаться. Генерал Родионов доложил, что эти факты «заслуживают особого внимания как сигнал возможной обработки Капустина английской разведкой».
Выяснилось, что материалы докладывались члену Политбюро и первому секретарю ленинградского обкома Андрею Александровичу Жданову в 1939 году и были сочтены недостойными внимания. Тогда Кубаткин материалы оперативного учета приказал уничтожить, поскольку по инструкции не имел права собирать документы подобного рода на партийных работников такого ранга. Теперь это решение было сочтено попыткой скрыть шпионскую деятельность Капустина.
21 июля 1949 года министр госбезопасности Абакумов отправил рапорт генерала Родионова Сталину, и тот дал санкцию на арест Кубаткина и Капустина. С них началось уничтожение ленинградских кадров. В постановлении на арест Кубаткина было написано: «Работая на руководящих должностях в Ленинграде, поддерживал преступную связь с группой
