Джизак, Ходжент и тем самым Коканд был изолирован от Бухары.
В 1867 году было учреждено Туркестанское генерал-губернаторство во главе со знаменитым реформатором Средней Азии генерал-адъютантом К. П. фон Кауфманом. В 1868 году русские войска заняли и удержали в боях с войсками эмира бухарского крепость и священный город Самарканд – некогда столицу державы Тимуридов, культурный центр Средней Азии. (Самарканд стал центром новообразованного Зеравшанского округа, впоследствии – Самаркандской области.) В контексте этих достижений стала возможной административная реформа не отдельных территорий, а всей зоны казахских степей в целом. В 1867 году одновременно с Сырдарьинской областью (центр – Ташкент) была образована Семиреченская в составе того же Туркестанского генерал-губернаторства. В следующем, 1868 году (синхронно присоединению Самарканда) были образованы две казахские области Оренбургского генерал-губернаторства (Уральская и Тургайская) и две области Западно-Сибирского генерал-губернаторства (Акмолинская и Семипалатинская). Отсюда очевидно, что стабилизация Казахстана и системы его управления была достижима лишь в комплексе со стабилизацией и преобразованием Средней Азии. До присоединения последней Казахстан оставался своего рода буферной полузависимой территорией, источником многочисленных проблем для многих поколений русских политиков и военных.
В 1873 году были решены последующие проблемы: занята Хива и по мирному договору хан признал верховную власть русского императора; подчинен Коканд практически на тех же условиях. Но если в Хиве положение стабилизировалось сразу, то в Коканде вспыхнула трехлетняя усобица, деспот Худояр-хан был свергнут своими родственниками и скрылся в пределах России, Коканд вышел из-под контроля. В 1876 году войска генерала М. Д. Скобелева подавили мятеж в Коканде. Учитывая полное банкротство политического режима Коканда, ханство было решено упразднить и включить в Туркестанское генерал-губернаторство в качестве Ферганской области.
Напротив, в бассейне Амударьи Хивинское ханство и Бухарский эмират сохранились как вассальные монархии. Но пограничной с Казахстаном Хиве было запрещено иметь армию, а вооруженные силы Бухары, отделенной от Казахстана территорией Хивы и Туркестанского генерал-губернаторства, были предельно ограничены; их, однако, было достаточно, чтобы с помощью России противостоять афганцам и стоящим за ними англичанам.
Михаил Дмитриевич СКОБЕЛЕВ (1843-1882) – выдающийся русский военноначальник и стратег. Участник среднеазиатских завоеваний Российской империи и Русско-турецкой войны 1877-1878 годов, освободитель Болгарии. В историю вошел с прозванием «белый генерал», что всегда ассоциируется в первую очередь именно с ним, и не только потому, что в сражениях он участвовал в белом мундире и на белом коне.
На восточной границе Туркестана в 1864-1878 гг. Синьцзян (Восточный Туркестан) отделился
