используете метод, который производит некорневое дерево, где нужно разместить корень?
Прежде чем использовать метод максимальной экономии, вычислите, сколько различных деревьев необходимо было бы рассмотреть, если бы все они были исследованы.
Поскольку считать экономичность вручную для большого количества деревьев практически нецелесообразно, нужно использовать столько информативных видов, сколько сочтете приемлемым, и вычислить экономичность для небольшого числа различных деревьев. Одно из этих деревьев должно быть сохранено в файле Distancemethod, а остальные должны быть деревьями, которые, по вашему мнению, также могут быть хорошими кандидатами на эту роль.
Насколько уверены в достоверности полученных результатов и почему? Если отвергаете результаты проделанной работы по построению деревьев как недостаточно строго обоснованные с математической точки зрения, то почувствуете ли большую уверенность в достоверности, просто принимая на веру слова пациентов, заинтересованных в результатах исследования различных факторов риска заражения ВИЧ? Дайте честную оценку тому, насколько ценными, по вашему мнению, являются филогенетические методы.
Глава 6. Генетика
Всем известно, что потомство, как правило, имеет физические черты, общие с их родителями. У особей как правило прослеживается сходство в цвете волос, цвете глаз, росте и телосложении, в отдельных индивидуумах или в целом семействе. Эти селекционные черты, должно быть, были замечены в истории давным-давно, так как одомашненные животные и сельскохозяйственные культуры имеют сильно развитые черты, которые считаем полезными.
С другой стороны, черты потомства, как правило, не совсем предсказуемы при наблюдении за признаками родителей. У ребенка может быть черта, такая как гемофилия, которую ни один из родителей не проявляет, хотя такая черта может встречаться чаще в одной семье, чем в другой. Таким образом, несмотря на закономерности наследования, случайность также, по-видимому, вовлечена в процесс эволюции. Создание математической модели наследственности требует охвата таких аспектов.
Первый решительный шаг был сделан августинским монахом Грегором Менделем во второй половине девятнадцатого века. Экспериментируя с некоторыми тщательно отобранными признаками у гороха, он пришел к тому, что в качестве основной единицы наследственности предложил нечто принципиально новое для того времени, ныне называемое геном. Хотя для современного исследователя это может показаться удивительным, но в то время ген был совершенно абстрактным понятием, без предполагаемой физической основы, такой как последовательности ДНК, которые сейчас непосредственно представляем.
Признавая ценность количественного анализа, Мендель создал математическую модель передачи наследуемых признаков, основанную на понятиях вероятности. Его гений заключался как в выявлении достаточно простых признаков, чтобы иметь возможность сформулировать хорошую модель,
