alt="image"/>
TAKSONOMIKISHT , SARS-CoV-2 është një tendosje e koronavirusit të rëndë të lidhur me sindromën respiratore akute (SARSr-CoV). Besohet se ka origjinë zoonotike dhe ka ngjashmëri të ngushtë gjenetike me koronaviruset e lakuriqëve , duke sugjeruar se ajo doli nga një virus i lindur nga shkopi . [Një rezervuar i kafshëve të ndërmjetme si pangolina mendohet gjithashtu se është i përfshirë në prezantimin e tij te njerëzit. Virusi tregon pak diversitet gjenetik, duke treguar që ngjarja e spilloverit që prezanton SARS-CoV-2 te njerëzit ka të ngjarë të ketë ndodhur në fund të vitit 2019.
Studimet epidemiologjike vlerësojnë se çdo infeksion rezulton në 1.4 deri 3.9 të reja kur asnjë anëtar i komunitetit nuk është imun dhe nuk merren masa parandaluese . Virusi është përhapur kryesisht midis njerëzve përmes kontaktit të ngushtë dhe përmes pikave të frymëmarrjes të prodhuara nga kollitjet ose teshtitjet. Kryesisht hyn në qelizat njerëzore duke u lidhur me enzimën konvertuese të angiotenzinës 2 të receptorit (ACE2).
rezervuar
––––––––
INFEKSIONET E PARA të njohura nga soji SARS-CoV-2 u zbuluan në Wuhan të Kinës. Burimi origjinal i transmetimit viral te njerëzit mbetet i paqartë, siç ndodh nëse tendosja u bë patogjen para ose pas ngjarjes së derdhjes .Sepse shumë nga individët e parë zbuluar se janë të infektuar nga virusi ishin punëtorë në tregun e detit Huanan , është sugjeruar që soji mund të ketë origjinën nga tregu. Sidoqoftë, hulumtime të tjera tregojnë se vizitorët mund të kenë futur virusin në treg, gjë që më pas lehtësoi zgjerimin e shpejtë të infeksioneve.
Hulumtimi në rezervuarin natyror të sojit të virusit që shkaktoi shpërthimin e SARS 2002-2004 ka rezultuar në zbulimin e shumë koronaviruseve të shkopit të ngjashëm me SARS , shumica me origjinë nga gjini Rhinolophus i lakuriqëve të patkua , dhe dy sekuencave të acidit nukleik viral që gjenden në mostrat e marra nga Rhinolophus sinicus tregojnë një ngjashmëri prej 80% me SARS-CoV-2.A sekuenca e tretë e acidit nukleik viral nga Rhinolophus affinis , e mbledhur në provincën Yunnan dhe e caktuar RaTG13, ka një ngjashmëri 96% me SARS-CoV-2.Bat konsiderohen rezervuari natyror më i mundshëm i SARS-CoV-2, por ndryshimet midis koronavirus-it të shkopit dhe SARS-CoV-2 sugjerojnë që njerëzit ishin infektuar përmes një pritësi të ndërmjetëm.
Një studim metagjenomik i botuar në vitin 2019 zbuloi më parë se SARS-CoV , lloji i virusit që shkakton SARS , ishte koronavirusi më i shpërndarë në mesin e një mostre të pangolins Sunda . [50]Më 7 shkurt 2020, u njoftua se studiuesit nga Guangzhou kishin zbuluar një mostër pangoline me një sekuencë të acidit nukleik viral "99% identik" me SARS-CoV-2. [51]Kur u lëshua, rezultatet sqaruan se "fusha që e lidh receptorin e proteinës S të Pangolin-CoV të zbuluar rishtazi është praktikisht identik me atë të 2019-nCoV, me një ndryshim aminoacid ". [52]Pangolinat mbrohen sipas ligjit kinez, por copëtimi dhe tregtimi i tyre për t'u përdorur në mjekësinë tradicionale kineze mbetet i zakonshëm. [53] [54]
Mikrobiologët dhe gjenetistët në Teksas kanë gjetur në mënyrë të pavarur dëshmi të rivlerësimit në koronaviruse që sugjerojnë përfshirjen e pangolins në origjinën e SARS-CoV-2. [55]Sidoqoftë, koronaviruset e pangolinës të gjetura deri më tani ndajnë më së shumti 92% të gjenomëve të tërë me SARS-CoV-2, duke i bërë ata më pak të ngjashëm sesa RaTG13 me SARS-CoV-2. [56]Kjo është e pamjaftueshme për të provuar pangolins të jetë nikoqiri i ndërmjetëm; në krahasim, virusi SARS përgjegjës për shpërthimin 2002–2004 ndau 99.8% të gjenomit të tij me një koronavirus të njohur civet .
LAKURIQËT E KALIT janë ndër rezervuarit natyrorë më të mundshëm të SARS-CoV-2
––––––––
FILOGJENETIKA DHE TAKSONOMIA
SARS-CoV-2 i përket familjes së gjerë të viruseve të njohur si koronaviruse . Kjo është një pozitiv-sens vetme-bllokuara ARN (+ ssRNA) virus. Koronaviruset e tjerë janë të aftë të shkaktojnë sëmundje që fillojnë nga ftohja e zakonshme deri te sëmundjet më të rënda siç është sindroma e frymëmarrjes e Lindjes së Mesme (MERS). Corshtë koronavirusi i shtatë i njohur që infekton njerëzit, pas 229E , NL63 , OC43 , HKU1 , MERS-CoV dhe origjinalit SARS-CoV. [57]
Ashtu si soji koronavirus i lidhur me SARS i implikuar në shpërthimin e SARS në 2003, SARS-CoV-2 është një anëtar i subgenusit Sarbecovirus ( linja beta-CoV B). [58] [59]Sekuenca e tij e ARN- së është afërsisht 30,000 baza në gjatësi.SARS-CoV-2 është unike në mesin e betacoronaviruseve të njohura në përfshirjen e saj të një vendi të ndarjes polbasike, një karakteristikë e njohur për rritjen e patogjenitetit dhe transmetueshmërisë në viruset e tjera. [60] [61]
Me një numër të mjaftueshëm të gjenomave sekuenciale , është e mundur të rindërtoni një pemë filogjenetike të historisë së mutacionit të një familje virusesh. Deri më 12 janar 2020, pesë gjenoma të SARS-CoV-2 ishin izoluar nga Wuhan dhe u raportuan nga Qendra Kineze për Kontrollin dhe Parandalimin e Sëmundjeve (CCDC) dhe institucione të tjera; [62]numri i gjenomave u rrit në 42 me 30 Janar 2020. [63]Një analizë filogjenetike e atyre mostrave tregoi se ato ishin "shumë të lidhura me të paktën shtatë mutacione në lidhje me një paraardhës të zakonshëm ", duke nënkuptuar që infeksioni i parë njerëzor ka ndodhur në Nëntor ose Dhjetor 2019. [63]Që nga 27 Mars 2020, 1,495 gjenome SARS-CoV-2 të ekzaminuara në gjashtë kontinente ishin në dispozicion të publikut. [64]
Më 11 shkurt 2020, Komiteti Ndërkombëtar për Taksonominë e Viruseve (ICTV) njoftoi se sipas rregullave ekzistuese që llogaritin marrëdhëniet hierarkike midis koronaviruseve në bazë të pesë sekuencave të konservuara të acideve nukleike , ndryshimet midis asaj që u quajt atëherë 2019-nCoV dhe tendosja e virusit nga shpërthimi SARS i vitit 2003 ishte i pamjaftueshëm për t'i bërë ato specie virale të veçanta . Prandaj, ata identifikuan 2019-nCoV si një tendosje të koronavirusit të rëndë të sindromës së frymëmarrjes së rëndë të lidhura . [2]
|
|
|
| ID e gjenomit NCBI | MN908947 |
| Madhësia e gjenomit | 29.903 baza |
| Viti i përfundimit | 2020 |
––––––––
BIOLOGJIA STRUKTURORE
