епископ Евгений ярко проявил себя как церковный писатель и исследователь. Еще во время своей учебы в Московской духовной академии он написал диссертацию на соискание степени кандидата богословия по теме «Святой Григорий Нисский как панегирист». В 1910 г. в Муроме вышла его книга «Как совершалась канонизация святых в первое время существования русской церкви». Епископа заинтересовала также местная агиографическая тематика. В том же 1910 году в Муроме была опубликована еще одна книга – «О церковном прославлении и почитании св. благоверной Иулиании Лазаревской». Одновременно в Петербурге увидела свет его же брошюра «Житие и служба св. праведной Иулиании Лазаревской». «Героиней» двух последних публикаций стала женщина, прославившаяся своей благочестивой жизнью и благотворительностью. Она продала все свое имущество для того, чтобы накормить неимущих во время катастрофического по масштабам голода, случившегося в России в царствование Бориса Годунова.
Четыре с половиной года епископ Евгений прослужил на муромской кафедре. Он пользовался заслуженной любовью и уважением духовенства и мирян города Мурома, а также соседних уездов, которые входили в сферу его деятельности, был награжден во время службы в Муроме орденом
Владимира 3-й степени. Однако по указу церковных властей от 14 июня 1912 г. епископ Евгений был перемещен в епархиальный центр с переименованием его во епископа Юрьевского. Это было повышение по службе, т. к. во Владимирской епархии епископ Муромский являлся вторым викарием, а епископ Юрьевский – первым.
Юрьевским владыкой Евгений Мерцалов служил с 1912 по 1919 г. К сожалению, об этом периоде его жизни и деятельности известно очень немногое. За это время он был отмечен еще одной высокой светской наградой – орденом Анны 1-й степени.
Февральская революция 1917 г. привела к существенным изменениям в системе управления Русской Православной Церковью, в частности была ограничена власть епархиальных владык, одновременно их стали не назначать сверху, а выбирать. Духовенство Владимирской епархии в мае 1917 г. выразило недоверие архиепископу Алексию (Дородницыну), сословный съезд принял решение о передаче власти в епархии старшему викарию, т. е. епископу Евгению. Он начал официально исполнять эти обязанности после того как по этому вопросу 18 мая 1917 г. состоялось решение Синода.
Также Святейший Синод благословил проведение епархиального съезда духовенства и мирян для замещения Владимирской архиерейской кафедры. Острые политические события, происходившие в стране в это время, позволили созвать полноценный съезд для выборов нового владыки только в августе 1917 г. На предварительном голосовании, состоявшемся в ходе заседаний съезда 8 августа, епископ Евгений занял третье место, получив 84 голоса, и вместе с другими двумя кандидатами вышел во «второй тур». 9 августа в Успенском соборе г. Владимира состоялось окончательное голосование. Епископ Евгений, набрав всего 29 голосов,
