1805 г. – командующий резервной кавалерии Великой Армии (Grande Armee), в ходе кампании 1805 г. прославился храбростью в сражениях при Вертингене, Ульме, Голлабрюне и Аустерлице.
В Прусскую кампанию 1806 г. сражался при Йене и Голымине, сыграл решающую роль в преследовании разбитой прусской армии, 28 октября вынудил к капитуляции армию князя Гогенлоэ (10 тыс. солдат, 300 офицеров, 64 орудия, 45 знамён) у Пренцлау, 28 ноября занял Варшаву.
В Польскую кампанию 1807 г. захватил 2 тыс. пленных и 5 орудий в сражении при Гофе, при Эйлау возглавил знаменитую «атаку 80-ти эскадронов», повлиявшую на ход сражения, отличился при Гутштадте и Гейльсберге.
20 февраля 1808 г. – командующий Армии Испании, 24 марта вступил в Мадрид и 2 мая жёстко подавил в столице восстание горожан и крестьян, возмущённых отъездом короля Карлоса IV и принца Фердинанда в Байонну. 15 июля 1808 г. получил от Императора трон Неаполитанского королевства и 6 сентября 1808 г. прибыл в Неаполь. 5 октября 1808 г. штурмом овладел о-вом Капри, а в 1809 г. предпринял неудачную экспедицию на Сицилию. Занимался реорганизацией неаполитанской армии, ввёл рекрутский набор.
В мае 1812 г. возглавил кавалерию Великой Армии, участвовал в Русском походе, лично возглавлял кавалерийские атаки в сражениях при Островно, Красном, Смоленске, Валутиной Горе, Бородино и Тарутино, где был ранен пикой в бедро.
5 декабря 1812 г. Император оставил армию в Сморгони и поручил командование Мюрату, который не смог наладить управление войсками, 17 января самовольно передал командование Эжену де Богарне и возвратился в Неаполь.
В августе 1813 г. снова присоединился к Императору и принял участие в Саксонской кампании, сражался при Дрездене, прославился массированной кавалерийской атакой в сражении при Лейпциге, но уже 5 ноября 1813 г. возвратился в своё королевство.
В январе 1814 г. подписал англо-австро-неаполитанскую конвенцию, в которой обязался начать вооружённую борьбу против Наполеона (при условии сохранения за ним престола он обещал выставить против Эжена де Богарне в Италии 40-тысячную армию).
Тем не менее, Венский Конгресс, на заседании которого Талейран заявил: «О каком неаполитанском короле вы говорите? Мы совершенно не знаем этого человека», выявил всю шаткость его положения. Во время «Ста дней» Мюрат 30 марта 1815 г. начал боевые действия против Австрии, захватил Рим, Анкону и Болонью, выпустил в Римини прокламацию об объединении Италии, но 21 апреля 1815 г. потерпел сокрушительное поражение при Толентино. 21 мая бежал из Неаполя и после отказа Наполеона принять его, поселился на юге Франции как частное лицо. 25 августа прибыл на Корсику, откуда 28 сентября во главе отряда из 600 преданых последователей отправился в Неаполь, чтобы поднять там восстание. Попал в шторм и высадился в Калабрии с 25 спутниками только 8 октября.
В тот же день был арестован в Пиццо. По решению Военного суда одну из главных легенд французского оружия расстреляли
