Бонапарту и заслужил его полное доверие. Признанием выдающихся боевых заслуг Мюрата явилось то, что именно на него пал выбор главнокомандующего армией, поручившего ему первым из представителей Итальянской армии выполнить почетную миссию – доставить в Париж свыше 20 трофейных австрийских и сардинских знамен и доложить Директории о первых победах французской армии в Италии. Это поручение Мюрат выполнил успешно и вернулся в армию в чине бригадного генерала (10 мая 1796 г.).
Затем во главе кавалерии отличился в бою при Роверето (4 сентября 1796 г.). Осенью 1796 г. в одном из боев (при Сан-Джорджио) был ранен. В кампании 1797 г. Мюрат сражался при Риволи (13—15 января 1797 г.), Тальяменто (16 марта 1797 г.) и Градиске (19 марта 1797 г.).
Отправляясь в Египет, Бонапарт взял Мюрата с собой (апрель 1798 г.). Командуя во время Египетской экспедиции Бонапарта 1798—99 гг. кавалерийской бригадой, Мюрат участвовал во взятии Александрии (2 июля 1798 г.), в сражении при Пирамидах (21 июля 1798 г.) и в бою при Салахии. Своей блистательной храбростью, неоднократно проявленной в боях с мамлюками, он приобрел такую известность, что даже знаменитый руководитель мамлюков Мурад-бей находил для себя лестным сходство с ним.
Во время Сирийского похода (февраль – июнь 1799 г.) Мюрат отличился в бою у замка Лаффель и разбил турок в сражении у горы Маунт-Табор (16 апреля 1799 г.), отважно сражался под стенами крепости Сен-Жан д’Акр (март – май 1799 г.). При штурме этой крепости его кавалерия в бою не участвовала, но сам он решил принять в нем участие. Возглавив первый же попавший ему под руку гренадерский батальон, он лично повел его на штурм. Взять крепость, как известно, французам тогда не удалось.
Нельзя не упомянуть про одну связанную с этим штурмом интересную деталь. Отстреленный со шляпы Мюрата султан турецкий паша, возглавлявший крепость, сохранил как главнейший трофей победы. И еще одна деталь, характеризующая Мюрата. Во время Сирийского похода он неожиданно для всех окружил себя вызывающей восточной роскошью. Его палатка была увешана дорогими персидскими коврами и разного рода дорогими вещами (изумительной работы саблями, кинжалами и т. п.). К столу генерала подавались изысканные блюда, включая специально привозимые издалека ароматные вина, воздух в палатке благоухал запахами особых сортов благовонного табака и т. д.
Несмотря на довольно напряженную боевую обстановку, сопряженную с постоянным риском подвергнуться внезапному налету вездесущего противника, спать Мюрат всегда ложился раздетым. На все неоднократно высказываемые окружением предостережения он лишь отмахивался. Словом, генерал республиканской армии уподобился турецкому паше или хану какой-нибудь восточной деспотии. Однако в изнеженного сибарита Мюрат, все же, не превратился и боевую форму сохранил.
По возвращении армии в Египет он разбил ополчение нескольких арабских племен, а затем прославил свое имя в сражении при Абукире (25 июля 1799 г.). Возглавляемая Мюратом кавалерия
