Августовича Эбергарда к этим положениям добавились новые: «Благочинные, сначала судовой, а потом флагманский, получили права непосредственных докладов командующему флотом; те суда, где не было священников, были распределены между наличным составом духовенства; не осталось ни одной части флота, которая не была бы поручена духовному наблюдению того или другого священника; священники стали вести беседы не только на тех судах, на которых числились, но и судах, им приписанных; было вменено в обязанность командам судов, не имеющих своих священников, посещать богослужения в береговых морских храмах, и главным образом во Владимирском соборе». Морякам наконец была дана возможность соблюдать пост и приготовиться к исповеди и принятию Святых Христовых Таин. Хотя результаты этих мер и получились утешительными, но, однако, недостаточными в сравнении даже с тем, что было тогда в армейских частях.
Приближалось смутное время, обнажавшее не только социальные, но и религиозные проблемы. «Таврические епархиальные ведомости» в 1911 году писали о них: «Злоупотребляя дарованной Высочайшим Манифестом 17 апреля 1905 года религиозной свободой, всюду в городах и в селах появились разного рода лжеучителя, которые под видом благочестия и проповеди о спасении во Христе стали распространять в народе пагубные ереси…
Город Севастополь в этом отношении является наглядным, весьма характерным, хотя и печальным примером. Здесь приютились и ведут деятельную пропаганду всякого рода сектанты. Здесь есть баптисты, „евангелические христиане“, адвентисты, есть хлысты, „новые израилитяне“, духоборы, толстовцы. Все эти сектанты враждуют друг с другом, в одном только они сходятся – в крайней вражде и ненависти к Церкви Православной».
Летом 1912 года восстали матросы на линейных кораблях «Иоанн Златоуст», «Евстафий», «Пантелеимон», «Синоп», «Три святителя», крейсерах «Кагул», «Память Меркурия» и корабле службы связи «Кронштадт». Восставшие предполагали убить офицеров и захватить корабли. После подавления мятежа были арестованы и предстали перед судом 143 человека. 17 человек было приговорено к расстрелу, 106 – к каторжным работам от 4-х до 8 лет. 20 человек было оправдано. Командующий Черноморским флотом адмирал А. А. Эбергард утвердил смертный приговор 10-ти из 17-ти приговоренных. Для оздоровления нравственной обстановки среди моряков отец Роман предложил командованию флотом употребить духовное средство – индивидуальную исповедь, дабы с помощью таинства Покаяния поднять дух моряков. Командование согласилось.
После ликвидации восстания адмирал Эбергард обратился к протоиерею Роману с вопросом, нужно ли вводить во флоте тайную полицию для выявления настроения моряков. Священник заверил командующего, что настроение моряков здоровое, и тайная полиция введена не была. По просьбе командующего протоиерей Роман написал и выпустил книгу о дисциплине и товариществе во флоте.
У отца Романа сложились
