Шешковский пренебрежительно оценивал все новые и новые признания своего подследственного: «В себе иного не содержит, как он описал гнусность своего сочинения, и кое он сам мерзит». Но возможно, искреннее или притворное раскаяние Радищева способствовало тому, что смертный приговор ему был заменен ссылкой в Сибирь.
Жестокая расправа за опубликование книги объяснялась крутым поворотом внутренней политики царизма, вызванным Французской революцией 1789 г. Вслед за судом над Радищевым последовала бессудная расправа над Н.И. Новиковым. Этот журналист и книгоиздатель давно находился на подозрении за острые сатиры в журналах и распространение сочинений французских просветителей. Вызывала беспокойство и принадлежность Новикова к масонским ложам, хотя эти организации существовали легально. Когда Екатерина II доказывала свое право именоваться «философом на троне», Новиков пользовался некоторой свободой действий. Императрица боролась с ним при помощи литературной полемики, жалуясь, что она, победив турецкую армию, никак не может справиться с отставным поручиком (чин Новикова).
Свержение королевской власти во Франции изменило ситуацию в России. Новикову запретили арендовать типографию и конфисковали его издания. В апреле 1792 г. он был арестован под надуманным предлогом. Следствие над Новиковым вел тот же Шешковский, а Екатерина II столь же внимательно следила за ходом допросов. Ее рукой были составлены вопросные пункты, на которые Новиков должен был отвечать в каземате Шлиссельбургской крепости. Историки, изучавшие дело Новикова, отмечают, что следствие велось исключительно предвзято: «…из бумаг без всякой системы брались лишь отдельные документы, на них ссылались для обвинения в том или другом преступлении, и по поводу их требовались объяснения с Новикова, но самих бумаг ему зачастую не предъявляли».
Между тем Новиков никогда не скрывал своих взглядов. Когда его обвинили в том, что он завлек в масонскую ложу секретаря московской конторы Тайной экспедиции Кочубеева, Новиков объяснил, что того специально приняли в ложу, думая, что он делает это по приказу начальства для наблюдения за масонами. Тайная экспедиция арестовала нескольких единомышленников Новикова, принадлежавших к ордену розенкрейцеров. Некоторые из арестованных, например студент М.И. Невзоров, оказались крепкими орешками даже для Шешковского. Проходивший по тому же делу И.В. Лопухин писал: «Невзоров был болен и не мог отвечать; да и нечего отвечать было, а Шешковский думал, что он упрямится и таит нечто важное. “Знаешь ли, где ты?” – говорит ему Шешковский. Невзоров: “Не знаю”. Ш[ешковский]: “Как не знаешь, ты в Тайной”. Н[евзоров]: “Я не знаю, что такое Тайная, пожалуй, схватят и в лес завезут в какой-нибудь стан… да скажут, что это Тайная, и допрашивать станут”».
Тайная экспедиция не разбиралась в масонских течениях. Единомышленников Новикова обвиняли в пособничестве Французской революции, хотя розенкрейцеры были последовательными противниками народных
