Манджушри, о чем упоминается в колофоне «Океана аргументов», где Чже Цонкапа пишет, что обширным и интенсивным изучением Дхармы он занимался «при постоянной опоре/ На особое божество [Манджушри]» [Tsong-khapa 2012, p. 468]. Как говорится в его биографии, он имел прямое видение ряда идамов, чьи садханы он реализовал, но Манджушри был тем, кто непосредственно вел его как Гуру, кому он задавал вопросы и получал ответы по тонким аспектам Дхармы. Вначале контакт с Манджушри состоялся при посредничестве мистика и отшельника по имени Умапа Паво Дордже, имевшего постоянное видение черного Манджушри и служившего медиумом, а впоследствии Цонкапа сам обрел прямое видение Манджушри [Jinpa 2013, pp. 77, 87, 103-107; Thurman 2009, p. 29].
Так же интенсивно, как Цонкапа учился сам, он преподавал Дхарму своим ученикам, собирая их в условиях коллективных ретритов. Так, например, в течение трех месяцев ежедневно, разделив время от рассвета до заката на пятнадцать сессий, он передал учения по линии Марпы и Миларепы вместе с комментариями к ним – семнадцать текстов, включая «Праманаварттику» Дхармакирти, «Абхисамаяланкару» Майтреи, «Абхидхармакошу» Васубандху, «Сутрасамуччаю» Асанги, «Виная-сутру» Гунапрабхи, пять ключевых текстов Нагарджуны, «Мадхьямакаватару» Чандркирти, «Четырехсотенную» Арьядевы и «Бодхичарьяватару» Шантидевы. Причем, все передаваемые тексты он знал наизусть и объяснял их во всей логической глубине и в тонкостях. И все это Чже Ринпоче совмещал с собственной ежедневной практикой и с самопосвящениями в мандалы идамов [Thurman 2009, p. 26]. Учения для своих учеников он совмещал с продолжением собственного обучения у мастеров тантр.
По просьбе учеников после достижения тридцатилетнего возраста им были написаны сотни работ, собрание которых составляет восемнадцать томов. Когда в возрасте тридцати двух лет он приступил к написанию комментария к сутрам праджняпарамиты, он сделал это «на основе синтеза всех индийских комментариев – а их насчитывалось двадцать один – к трактату Майтреи «Абхисамаяланкара», который сам является комментарием к праджняпарамитским сутрам» [Thurman 2009, p. 25]. Этот его труд называется «Золотые четки благих разъяснений» (legs-bshad-gser-phreng) (1388–1389). Прочитав этот текст уже в зрелом возрасте, сакьяпинский мастер лоцава Такцанг Шераб Ринчен (Stag-tshang-lotsaba Shes-rab-rin-chen,1405–1455), который в юношеском возрасте выступал критиком Чже Цонкапы и приписывал ему восемнадцать противоречий, изменил свое мнение. Ранее, в таких сочинениях как «Понимание всех философских систем» (grub-mtha'– kun-shes) и «Восемнадцать великих противоречий» ('gal-ba'i-khur-chen-bco-brgyad) он с юношеским высокомерием критиковал позицию Цонкапы о том, что логико-эпистемологическая традиция Дигнаги и Дхармакирти совместима с мадхьямакой, в особенности отрицая такую возможность для прасангики Чандракирти. Такцанг утверждал тогда, что логика (прамана; tsad-ma), так же как и медицина, грамматика и искусства, не относится к внутренним, буддийским, наукам, и что она несовместима с доктриной пустоты как конечной природы реальности. Эта критика со стороны Такцанга вызывала споры
